GBD數(shù)據(jù)庫(kù)——如何繪制SDI與發(fā)病率的相關(guān)圖

這篇推文是GBD系列的第8篇坛掠,我們可以看下另外一篇示例文章The global, regional, and national burden of oesophageal cancer and

its attributable risk factors in 195 countries and territories, 1990–2017: a

systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2017的圖4:


做上面這張圖,仔細(xì)看下需要準(zhǔn)備的數(shù)據(jù),需要1990-2019年的SDI數(shù)據(jù),這個(gè)數(shù)據(jù)大家可以直接從GBD官網(wǎng)搜索下載,網(wǎng)址地址:http://ghdx.healthdata.org/data-type/estimate

通過(guò)這個(gè)網(wǎng)址搜索可以下到1950-2019的SDI數(shù)據(jù)

http://ghdx.healthdata.org/record/ihme-data/gbd-2019-socio-demographic-index-sdi-1950-2019


下載好數(shù)據(jù)打開(kāi)文件可以查看下數(shù)據(jù)格式


大家可以看到每個(gè)國(guó)家及地區(qū)1990-2019年的SDI的具體數(shù)值,我們刪去這個(gè)excel文件的標(biāo)題抬頭,另存為CSV格式,并將文中的“·”替換成“.”级乍,否則導(dǎo)入到R語(yǔ)言中數(shù)據(jù)會(huì)被默認(rèn)成字符,準(zhǔn)備好數(shù)據(jù)后帚湘,我們打開(kāi)R進(jìn)行操作


首先設(shè)置路徑玫荣,裝載R包


讀取數(shù)據(jù)


可以查看下SDI數(shù)據(jù)形式:


由于SDI數(shù)據(jù)是屬于寬形數(shù)據(jù),我們需要將SDI轉(zhuǎn)換成長(zhǎng)形數(shù)據(jù):也就是一個(gè)地區(qū)大诸,一個(gè)年份為一行捅厂,這里我們要用到reshape包


數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換好后,再查看下數(shù)據(jù)


這時(shí)候我們要做的幾件事就是:1.變量名要和EC數(shù)據(jù)變量名一致资柔,合并用焙贷,2.year變量要去掉“X”字符,轉(zhuǎn)換為數(shù)值變量


我們可以再查看下數(shù)據(jù)


然后我們?cè)佾@取ASR數(shù)據(jù)


最后需要將ASR,SDI數(shù)據(jù)合并成一個(gè)數(shù)據(jù)框


針對(duì)圖A贿堰,只需要ggplot2里的點(diǎn)圖和擬合曲線功能就可以作圖


最后出來(lái)的圖形基本上和示例文章中的圖形差不多辙芍,大家在AI里稍微調(diào)整即可。


接下來(lái)我們看圖B:

圖B需要我們準(zhǔn)備每個(gè)國(guó)家2019年的SDI以及ASR數(shù)據(jù)即可作圖

同樣的我們讀取相應(yīng)的數(shù)據(jù)


由于SDI里和EC里的location有些國(guó)家名字會(huì)有出入,我們需要進(jìn)行調(diào)整故硅,調(diào)整SDI與EC里location命名一致


接著我們合并數(shù)據(jù)


最后我們作圖庶灿,由于國(guó)家數(shù)比較多,將國(guó)家名字映射到圖形中吃衅,需要調(diào)整文字大小往踢,如果文字少一般用ggplot2中g(shù)eom_text即可,但是本次作圖文字較多捐晶,我們采用geom_text_repel更妥當(dāng)菲语,代碼如下:


最后做出來(lái)的圖形大概長(zhǎng)這樣


最后大家在AI中再調(diào)整下圖形即可妄辩。

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