1. 群體進(jìn)化研究主要能獲得什么結(jié)果唁奢？
通過群體進(jìn)化研究矿卑，我們不但可以獲知群體的系統(tǒng)發(fā)育過程否淤，還能夠挖掘到受選擇的功能基因以及揭示種群的歷史動態(tài)悄但。
（1）群體遺傳多樣性： 通過系統(tǒng)進(jìn)化樹、主成分分析和群體結(jié)構(gòu)分析等多種分析方法相互驗證石抡，準(zhǔn)確地對各亞群的親緣關(guān)系及分化情況進(jìn)行分析算墨，為研究群體的進(jìn)化歷史提供科學(xué)依據(jù)。
（2）基因交流情況 ：通過研究各亞群遺傳物質(zhì)的來源及比重汁雷，對各亞群的基因交流情況進(jìn)行探索，并對各亞群可能的遷移路線進(jìn)行推測报咳，為揭示群體的表型多樣性提供科學(xué)依據(jù)侠讯。
（3）功能基因挖掘：通過群體選擇分析能夠探究各亞群的多態(tài)性和分化程度，并挖掘到與重要性狀相關(guān)的功能基因暑刃，對農(nóng)業(yè)育種工作起到重要指導(dǎo)作用厢漩。
（4）群體進(jìn)化動態(tài)分析：根據(jù)基因組變異信息，推測不同亞群的分化時間岩臣，估計有效群體大小在進(jìn)化過程中的變化情況溜嗜，為探討各亞群間的形成和進(jìn)化規(guī)律以及珍惜物種的保護(hù)提供科學(xué)依據(jù)宵膨。
2. 如何推斷研究材料可能已經(jīng)有亞群分化？
亞群分化主要與兩個因素有關(guān)：
1）地域差異：長久的地域差異炸宵，例如歐亞大陸差異辟躏、高山等可以體現(xiàn)局部適應(yīng)性，或者研究材料為當(dāng)?shù)靥赜衅贩N土全，很有可能是一個亞群捎琐。
2）品系差異：詢問品系形成的時間，強的人工馴化條件下裹匙，一般70年足夠形成一個品系瑞凑。
3. 如何推薦測序深度？
綜合考慮項目的成本及結(jié)果的準(zhǔn)確性概页，建議群體進(jìn)化研究的測序深度不低于10X籽御。隨著測序成本降低及分析方法成熟，高深度測序應(yīng)用越來越普遍惰匙，高深度測序可以有以下思路：
a)對于某些亞群的關(guān)鍵個體可以進(jìn)行50X高深度測序技掏，建立該群體高質(zhì)量變異數(shù)據(jù)庫，進(jìn)行CNV等大結(jié)構(gòu)變異檢測徽曲；
b)或者對群體的每個個體加深測序深度（30X）進(jìn)行基于CNV的選擇消除分析等零截，來挖掘大結(jié)構(gòu)變異導(dǎo)致的進(jìn)化及性狀形成機制。
c)當(dāng)樣本量少時秃臣，也可以對每個個體進(jìn)行100X高深度測序涧衙，采用全基因組組裝進(jìn)行群體進(jìn)化分析。
4. 進(jìn)行群體進(jìn)化的群體選擇標(biāo)準(zhǔn)奥此？
某物種的各個亞群弧哎，如野生種與馴化種、地理亞群等稚虎，每個亞群間劃分明顯撤嫩，同一亞群內(nèi)的個體有一定代表性。如研究馴化機制蠢终，則需要選取野生型序攘、馴化型樣本；如研究適應(yīng)性進(jìn)化寻拂，則需要選取不同地理環(huán)境程奠，不同海拔高度的樣本；如研究種群歷史祭钉，需要在物種的可能起源地以及各個分布區(qū)域進(jìn)行選材瞄沙。
5. 什么是群體遺傳結(jié)構(gòu)？
群體遺傳結(jié)構(gòu)指遺傳變異在物種或群體中的一種非隨機分布。按照地理分布或其他標(biāo)準(zhǔn)可將一個群體分為若干亞群距境，處于同一亞群內(nèi)的不同個體親緣關(guān)系較高申尼，而亞群與亞群之間親緣關(guān)系則稍遠(yuǎn)。群體結(jié)構(gòu)分析有助于理解進(jìn)化過程垫桂，并且可以通過基因型和表型的關(guān)聯(lián)研究確定個體所屬的亞群师幕。
6. 什么是群體主成分分析？
主成分分析（PCA）是一種純數(shù)學(xué)的運算方法伪货，可以將多個相關(guān)變量經(jīng)過線形轉(zhuǎn)換選出較少個數(shù)的重要變量们衙。PCA應(yīng)用到很多學(xué)科，在遺傳學(xué)當(dāng)中碱呼，主要用于聚類分析蒙挑，它是基于個體基因組SNP差異程度，按照不同性狀特征將個體按主成分聚類成不同的亞群愚臀，同時用于和其它方法做相互驗證忆蚀。
