GSEA和Cytoscape的安裝都需要java環(huán)境，所以首先要搭建好java環(huán)境懂扼。在搭建java環(huán)境之前新建一個(gè)虛擬環(huán)境，將java環(huán)境與外部環(huán)境隔絕起來(lái)赶熟。我使用的是conda建立的虛擬環(huán)境：conda create -n ja_va
我的系統(tǒng)是ubuntu,ubuntu終端命令行安裝：
1. sudo dpkg -l | grep openjdk?? 可以看到好幾個(gè)可供安裝的java（如圖一）.
2. 我之前安裝了openjdk-8-jre-headless映砖，但這個(gè)環(huán)境不能安裝GSEA和Cytoscape邑退。所以要將其刪除劳澄。命令： sudo apt-get remove openjdk-8-jre-headless（如圖2）
3. 安裝non-headless 的java.命令：sudo apt-get install openjdk-8-jre（圖3）
4. 安裝結(jié)束之后java -version查看java的版本，如果出現(xiàn)如下圖就表示安裝成功溯警。
5.java環(huán)境構(gòu)建好之后就可以安裝GSEA和Cytoscape了梯轻。首先下載安裝包：GSEA：GSEA | Login
我下載的是第二個(gè)尽棕，即gsea-3.0.jar
6.安裝GSEA: java -jar gsea-3.0.jar 滔悉。 gsea-3.0.jar就是下載后GSEA安裝包的名字。
命令運(yùn)行之后就會(huì)打開(kāi)GSEA（如圖7）
7. 這就算是安裝好了，那么接下來(lái)是安裝Cytoscape歉提。安裝包下載：Cytoscape: An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualization
下載完成后你可以看到你的保存路徑中有.sh文件苔巨。在終端執(zhí)行命令：sh Cytoscape_3_7_1_unix.sh
命令運(yùn)行結(jié)束之后可以看到.sh文件變成了一個(gè)文件夾侄泽。打開(kāi)文件夾如下圖：
上圖中有一個(gè)圖標(biāo)的那文件在首次打開(kāi)這個(gè)文件夾的時(shí)候它跟后面幾個(gè)文件是一樣的悼尾，也就是說(shuō)是一個(gè)文件樣的湘捎，單擊之后就會(huì)加載這個(gè)軟件窥妇，就變成了上圖中第5個(gè)圖標(biāo)的樣子娩践。再次想要啟動(dòng)這個(gè)軟件翻伺，就到該文件夾來(lái)單擊第5個(gè)圖標(biāo)就好了。
安裝工作到此結(jié)束拉宗。
參考：1.? gnome - Assistive technology not found AWTError - Ask Ubuntu
