今天沒大家介紹一篇文章，這篇文章發(fā)表在clinical cancer research 上煞额。 下圖中我們可以看到這個雜志這幾年來的影響因子的波動變化。
首先我們看下這篇文章的通訊作者：
這篇文章的通訊作者來自摇幻，紀(jì)念斯隆·凱特琳癌癥中心夫否，位于美國紐約。 大衛(wèi)·b·索利特(David B. Solit)博士是紐約的一名腫瘤學(xué)家局待，隸屬于一家醫(yī)院斑响。他已經(jīng)行醫(yī)20多年了。
Abstract：
目的：
為了研究上尿路上皮癌（UTUC）和膀胱癌的（UCB）的區(qū)別钳榨，重點(diǎn)是關(guān)注不同腫瘤間的克隆相關(guān)性舰罚。
實(shí)驗(yàn)設(shè)計：
我們用target 下一代在測序的方法分別去測了腫瘤和匹配的germline DNA。這個種群包括195個UTUC病人和454個UCB病人薛耻。 對于一個具有29個UTUC营罢，后續(xù)又患有UCB的病人亞群，所有的腫瘤被分析去評估他們的克隆關(guān)系昭卓。
結(jié)果：
隨著發(fā)展到更高級的UTUC愤钾，相比較UTB，UTUC中具有更少的RTK/RAS patway突變的改變候醒，更多的TP53/MDM2的改變能颁。相比較UCB，TP53倒淫，RB1和ERBB2在UTUC中突變的較少伙菊。然而FGFR3和HRAS更加頻繁的改變。 基于對腫瘤突變burdern敌土，MSIsensor 得分和突變signauture的整合分析镜硕， 7.2%的UTUC腫瘤被分成MSI-high/MMR-deficient (MSI-H/ dMMR) 。在UTUC后膀胱癌的復(fù)發(fā)顯著的與FGFR3返干，KDM6A兴枯，CCND1和TP53有關(guān)。 通過比較同一個病人的UTUC和UCB都支持了他們之間克隆的相關(guān)性矩欠。
總結(jié)：
UTUC和UCB在基因組改變的頻度上展示了顯著的不同财剖。在一個具有兩種腫瘤的個體悠夯，UCB和UTUC經(jīng)常是克隆相關(guān)的。UTUC的基因組特征提供了膀胱癌復(fù)發(fā)的風(fēng)險信息躺坟，可以找到與lynch 綜合征有關(guān)的腫瘤沦补。
Introduction：
尿路上皮癌是美國第六大常見的癌癥類型。膀胱癌的尿路上皮癌占據(jù)了占據(jù)了大部分尿路上皮癌咪橙，然而上尿路UCs (UTUC)明顯較少夕膀，占據(jù)了5%到10%的UCs。 盡管UCB和UTUC產(chǎn)生于尿路上皮美侦，具有相似的組織結(jié)構(gòu)产舞，但是他們具有不同的臨床特征。UTUC是獨(dú)特的和幾個環(huán)境的風(fēng)險因素有關(guān)音榜。 患有UTUC的病人更多的患有l(wèi)ych綜合征庞瘸。
由于相比較UCB，UTUC比較少見赠叼。大部分臨床和生物學(xué)研究聚焦在膀胱癌擦囊，而由結(jié)果和臨床應(yīng)用的結(jié)果去推測到UTUC。 到目前為止嘴办， 已經(jīng)用NGS測序去檢測少量的UTUC瞬场，關(guān)于UCs的TCGA的研究排除了UTUC病人。然而涧郊，小型回顧性病例系列表明贯被，UCB和UTUC之間的致癌驅(qū)動基因突變患病率存在差異 。
在這篇文章中妆艘，我們利用一項(xiàng)前瞻性的分子特征研究來探索腫瘤的潛在臨床用途彤灶，UTUC患者的基因組特征，特別是他可以指導(dǎo)其臨床管理并且鑒別診斷腫瘤患者是否會患有l(wèi)ynch綜合征批旺。我們特別感興趣的是確定臨床特征的差異是否可以反映了UTUC和UCB之間基因驅(qū)動譜的差異幌陕。此外，由于UTUC和UCB通常在個體患者中同時發(fā)生汽煮，我們試圖解決該領(lǐng)域中持續(xù)存在的爭議搏熄，即個體患者中出現(xiàn)的暫時性不同的腫瘤是克隆相關(guān)的復(fù)發(fā)還是代表不同的原發(fā)腫瘤。
Materials and Methods
研究的樣本
所有參加的病人寫了知情同意書暇赤，這項(xiàng)研究是根據(jù)涉及人體的生物醫(yī)學(xué)研究的國際倫理準(zhǔn)則心例、良好臨床實(shí)踐準(zhǔn)則、赫爾辛基宣言和地方法律進(jìn)行的鞋囊，并得到機(jī)構(gòu)審查委員會的批準(zhǔn)止后。總共溜腐，使用靶向NGS平臺(mk - impact;補(bǔ)充方法;參考文獻(xiàn)译株。13微饥、14)。委員會認(rèn)證的泌尿生殖病理學(xué)家(H. Al-Ahmadie)審查了每個腫瘤的HE切片古戴，以確定分級、分期和尿路上皮組織學(xué)矩肩。在復(fù)查標(biāo)本中以組織學(xué)變異為主的患者被排除在外现恼。為了進(jìn)行比較分析，我們使用了454例UCB患者隊列(包括102例既往研究的UCB樣本黍檩，參考文獻(xiàn)11)叉袍，這些患者沒有既往病史，并在本中心進(jìn)行了類似的MSK-IMPACT分析刽酱。對于29例有后續(xù)UCB病史的患者喳逛，我們分析了這兩種腫瘤以確定其克隆關(guān)系。
統(tǒng)計分析
我們利用卡方和Fisher tests 去定義臨床和分類變量間的顯著差異棵里。 并用Wilcoxon和Kruskal wallis 檢驗(yàn)做連續(xù)變量的分析润文。腫瘤突變負(fù)擔(dān)被調(diào)整，以考慮用于個體患者的MSK-IMPACT版本中包含的基因數(shù)量(從230個到468個;補(bǔ)充表S1)殿怜。為了確定等位基因構(gòu)型典蝌，使用facet (version 0.5.6;ref。15)头谜。微衛(wèi)星不穩(wěn)定性采用msissensor算法(版本0.2;ref骏掀。16)。為了檢測腫瘤的克隆相關(guān)性柱告，我們使用了體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)截驮，包括沉默突變(17)。q值用來表示用Bonferroni方法控制錯誤發(fā)現(xiàn)率進(jìn)行多次比較調(diào)整后的P值际度。P值<0.05為有統(tǒng)計學(xué)意義葵袭。使用R v.3.4.3 (https://cran.r-project.org)進(jìn)行分析。
