Where to Hunt for Phages
分離噬菌體的樣本來源
選擇合適的噬菌體分離方法可以增加找到所需噬菌體的可能性【現(xiàn)學現(xiàn)賣·protocol】噬菌體的分離（2）谓形，但樣品的來源同樣重要。
一般來說敲才，尋找噬菌體的最佳地點是其宿主所在的環(huán)境棒旗。然而进每，尋找噬菌體有時可能比預(yù)期要復(fù)雜。例如，Owens等人最初打算從室內(nèi)飼養(yǎng)的家禽中分離空腸彎曲桿菌噬菌體婉宰，但沒有成功势似。然而拌夏，當他們嘗試從自由放養(yǎng)的雞中分離該噬菌體時，就成功了履因。這種差異的原因尚未確定障簿。因為室內(nèi)和自由放養(yǎng)的雞群都可被空腸梭菌定植。顯然栅迄，生長位置的細微差異會極大地影響噬菌體的分離站故，對各種位置和條件的樣品進行采樣十分重要，特別是在目標噬菌體和宿主細菌的生態(tài)學尚不清楚的情況下毅舆。
Isolation from the Environment
從環(huán)境樣品中分離
噬菌體通常與宿主從同一來源分離西篓，比如從土壤、污水或自然水體分離憋活。
污水等水樣首先要沉淀澄清岂津，并進行過濾，以去除不需要的碎屑和細菌污染悦即。在這之后有時需要富集步驟吮成，特別是如果要分離針對特定細菌菌株的噬菌體。接下來辜梳，可以使用雙瓊脂培養(yǎng)試驗對樣品進行目標宿主測試粱甫。對于土壤樣品，噬菌體可以粘附在土壤顆粒上作瞄，一般將樣品孵育過夜以從土壤顆粒中游離釋放噬菌體茶宵。低速離心以除去環(huán)境碎片，并過濾上清液宗挥，其他方法如上节预。
Common Sources for Isolation of Therapeutic Phages
分離治療性噬菌體的常見來源
分離用于防治人類疾病的噬菌體時，最常見的來源是污水或受感染的個體（具體取決于細菌宿主類型）属韧。
污水中含有豐富的細菌安拟，其中很多是人類消化道中的細菌，因此也含有高濃度的潛在醫(yī)療噬菌體宵喂。比如在被醫(yī)院污水污染的河水已成功分離出針對克雷伯氏菌的治療性噬菌體糠赦。一般來說，在廢物處理廠或污水源頭采集污水樣本（取樣的位置對最終獲得的噬菌體類型會產(chǎn)生影響），且在干旱時期收集樣本有利于分離人類治療性噬菌體拙泽。用于人類治療的噬菌體的另一個常見來源是受感染的個體淌山。樣本可以是病患的糞便、唾液顾瞻、皮膚或喉嚨拭子等泼疑。
還應(yīng)考慮目標宿主的生長環(huán)境。例如荷荤，鮑曼不動桿菌存在于多種環(huán)境退渗，該物種的噬菌體可以很容易地從這些不同的環(huán)境中分離出來，但是從臨床樣本和醫(yī)院廢物中分離出來的噬菌體更具治療功能蕴纳。同樣会油，當需要分離針對耐抗生素的細菌的噬菌體時，常使用醫(yī)院污水作為其分離樣本古毛。
Isolation from Lysogens
從溶源狀態(tài)分離
溫和噬菌體能夠?qū)⒆约旱男蛄胁迦胨拗鞯幕蚪M中或形成穩(wěn)定的染色體外元件翻翩，例如質(zhì)粒等。在這兩種情況下稻薇，它們都可以以原噬菌體形式與宿主溶原性細菌存活數(shù)代嫂冻。這些在完整的溶原性細菌中的原噬菌體，也可以作為噬菌體的來源塞椎。溫和噬菌體的誘導(dǎo)可以自發(fā)發(fā)生桨仿，不用任何誘導(dǎo)劑。然而忱屑，得到的病毒的滴度太低蹬敲，無法滿足試驗需求暇昂≥航洌可以人工誘導(dǎo)，其主要原理是直接破壞它們的DNA急波，比如將細菌暴露于紫外線或使用亞致死濃度的 DNA 損傷化學物質(zhì)（如氟喹諾酮類藥物或絲裂霉素 C等）从铲。應(yīng)注意優(yōu)化使用方法，以便誘導(dǎo)溶原性細菌產(chǎn)生噬菌體澄暮，不要在產(chǎn)生噬菌體之前殺死了細菌名段。進行誘導(dǎo)后，有幾種方法可以分離噬菌體泣懊。最常見的是可以使用指示菌株進行噬菌斑試驗伸辟。或者馍刮，在沒有發(fā)生雙重感染免疫的情況下信夫，可以在非誘導(dǎo)條件下將裂解物接種于溶原性細菌平板，產(chǎn)生更多斑塊以供挑取，盡管這些斑塊可能非常渾濁且難以觀察静稻。
Isolation from Diverse Environments
從各種環(huán)境中分離
從極端環(huán)境中噬菌體的分離類似于常規(guī)噬菌體分離警没，然而培養(yǎng)條件需要仿照噬菌體生存的自然條件以確保噬菌體粒子的穩(wěn)定性和活性。因為環(huán)境條件決定了細菌的生長振湾，從而決定了噬菌體的生長杀迹。除了培養(yǎng)條件，培養(yǎng)基的選擇也很重要押搪。對于嗜熱菌噬菌體树酪，可以使用結(jié)冷膠（Gelrite）凝膠代替瓊脂，因為它們的熔融溫度高于瓊脂凝膠（Stedman等人嵌言，2009）嗅回。
目前也有為古菌開發(fā)的病毒分離方案（Fulton 等人，2009 年和 Rice 等人摧茴，2001 年）绵载。古細菌病毒不是噬菌體（Abedon and Murray 2013），因此本文就不多寫了苛白，雖然它們的分離方案有相似之處娃豹。
主要參考文獻
Van Charante, F., Holtappels, D., Blasdel, B., & Burrowes, B. H. (2021). Isolation of bacteriophages. Bacteriophages: biology, technology, therapy, 433-464.
