title: GDAS001-安裝Bioconductor與獲取幫助
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tags:
- Bioconductor
categories: - Genomics Data Analysis Series
安裝Bioconductor
使用以下代碼安裝Bioconductor真友，直接粘貼到R的控制臺(tái)即可蝇摸。
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
這兩行代碼會(huì)安裝核心的Bioconductor包纯露。如果要再安裝其它的包，則要使用biocLite()函數(shù)，并且使用字符串參數(shù)指定包的名稱(chēng)，例如我們安裝以下的兩個(gè)包：
biocLite(c("genefilter","geneplotter"))
在使用的時(shí)候，就跟常規(guī)的R包一樣了器虾，例如library()加載即可讯嫂，例如 library(genefilter)。
獲取幫助
R中的幫助函數(shù)很多兆沙， 如果在命令行中直接輸入 help.start() 就能查看R幫助起始頁(yè)面欧芽。
查看函數(shù)幫助文檔
通常情況，使用?后面添加函數(shù)名稱(chēng)葛圃，回車(chē)則可以查看此函數(shù)的幫助文檔千扔。使用example(函數(shù))則能查看該函數(shù)的幫助文檔中Examples部分中的案例，如下所示：
?mean
?mad
example(mad)
example(boxplot)
輸入函數(shù)名稱(chēng)库正，但不添加任何參數(shù)曲楚，則顯示此函數(shù)的所有代碼。
在函數(shù)的幫助文檔中褥符，我們可以看到許多內(nèi)容龙誊，包括關(guān)于此函數(shù)的描述，用法喷楣，參數(shù)趟大，細(xì)節(jié)，參考文獻(xiàn)铣焊，使用案例等逊朽。
包幫助
如果想查看某個(gè)包中所有函數(shù)的幫助文檔，那么此時(shí)可以直接查看該函數(shù)的包文檔曲伊，如果想使用Web瀏覽器來(lái)查看這些文檔叽讳，那么需要添加以下參數(shù)（R默認(rèn)的IDE）：
help(package="genefilter", help_type="html")
如果使用的Rstudio，那么上述命令與下面命令的功能是一樣的：
help(package="genefilter")
一種查看某個(gè)包中的有哪些函數(shù)的快速方法是使用雙冒號(hào)::熊昌，如下所示：
library(geneplotter)
geneplotter::
對(duì)象幫助
如果要在R中查看某個(gè)對(duì)象的幫助信息绽榛，可以按如下操作：
class(6)
?numeric
?"numeric-class"
不過(guò)有的時(shí)候，在一些包中婿屹，某個(gè)構(gòu)建的函數(shù)與此函數(shù)構(gòu)建的對(duì)象的幫助文檔是一樣的，如下所示：
library(Biobase)
?ExpressionSet
?"ExpressionSet-class"
快速查看某個(gè)對(duì)象的方法：
methods(class="ExpressionSet")
methods(class="lm")
使用method()函數(shù)則能查看由某個(gè)類(lèi)定義的實(shí)例的所有方法：
R has good capabilities for self-description. Classes can be formally linked to methods that operate usefully on their instances. The methods available can be listed using the methods function.
data(sample.ExpressionSet)
methods(class=class(sample.ExpressionSet))
## [1] [ [[ [[<- $$
## [5] $$<- abstract annotation annotation<-
## [9] as.data.frame assayData assayData<- classVersion
## [13] classVersion<- coerce combine description
## [17] description<- dim dimnames dimnames<-
## [21] dims esApply experimentData experimentData<-
## [25] exprs exprs<- fData fData<-
## [29] featureData featureData<- featureNames featureNames<-
## [33] fvarLabels fvarLabels<- fvarMetadata fvarMetadata<-
## [37] initialize isCurrent isVersioned KEGG2heatmap
## [41] KEGGmnplot makeDataPackage Makesense notes
## [45] notes<- pData pData<- phenoData
## [49] phenoData<- preproc preproc<- protocolData
## [53] protocolData<- pubMedIds pubMedIds<- rowMedians
## [57] rowQ sampleNames sampleNames<- show
## [61] storageMode storageMode<- updateObject updateObjectTo
## [65] varLabels varLabels<- varMetadata varMetadata<-
## [69] write.exprs
## see '?methods' for accessing help and source code
源代碼
You can find the source code for many functions by typing out the name of the function without () and pressing enter.
read.csv
## function (file, header = TRUE, sep = ",", quote = "\\"", dec = ".",
## fill = TRUE, comment.char = "", ...)
## read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,
## dec = dec, fill = fill, comment.char = comment.char, ...)
## <bytecode: 0x7f8e35b19200>
## <environment: namespace:utils>
我們從上面可以看出來(lái)推溃，read.csv()函數(shù)只是打包了(wraps)了read.table()函數(shù)昂利。
有的時(shí)候，你需要指定一個(gè)特定的類(lèi)铁坎，才能查看該方法的源代碼蜂奸，如下所示：
plotMA
## nonstandardGenericFunction for "plotMA" defined from package "BiocGenerics"
##
## function (object, ...)
## {
## standardGeneric("plotMA")
## }
## <environment: 0x7f8e338381b8>
## Methods may be defined for arguments: object
## Use showMethods("plotMA") for currently available ones.
showMethods("plotMA")
## Function: plotMA (package BiocGenerics)
## object="ANY"
## object="data.frame"
getMethod("plotMA","data.frame")
## Method Definition:
##
## function (object, ...)
## {
## .local <- function (object, ylim = NULL, colNonSig = "gray32",
## colSig = "red3", colLine = "#ff000080", log = "x", cex = 0.45,
## xlab = "mean expression", ylab = "log fold change", ...)
## {
## if (!(ncol(object) == 3 & inherits(object[[1]], "numeric") &
## inherits(object[[2]], "numeric") & inherits(object[[3]],
## "logical"))) {
## stop("When called with a data.frame, plotMA expects the data frame to have 3 columns, two numeric ones for mean and log fold change, and a logical one for significance.")
## }
## colnames(object) <- c("mean", "lfc", "sig")
## object = subset(object, mean != 0)
## py = object$lfc
## if (is.null(ylim))
## ylim = c(-1, 1) * quantile(abs(py[is.finite(py)]),
## probs = 0.99) * 1.1
## plot(object$mean, pmax(ylim[1], pmin(ylim[2], py)), log = log,
## pch = ifelse(py < ylim[1], 6, ifelse(py > ylim[2],
## 2, 16)), cex = cex, col = ifelse(object$sig,
## colSig, colNonSig), xlab = xlab, ylab = ylab,
## ylim = ylim, ...)
## abline(h = 0, lwd = 4, col = colLine)
## }
## .local(object, ...)
## }
## <environment: namespace:geneplotter>
##
## Signatures:
## object
## target "data.frame"
## defined "data.frame"
簡(jiǎn)要案例Vignettes
“Vignettes”包含在R包中，并且是Bioconductor包的標(biāo)準(zhǔn)組件之一硬萍。這個(gè)函數(shù)通常會(huì)通過(guò)“塊”代碼的形式扩所，來(lái)顯示此包中函數(shù)的使用案例。
在Bioconductor的官網(wǎng)有PDF格式或R代碼的Vignettes朴乖。此外祖屏，通過(guò)在R中來(lái)調(diào)用vignette能夠保證正在使用的包的正確版本助赞。以下代碼就是列出某個(gè)特定包的vignettes名字，如下所示：
vignette(package="Biobase")
結(jié)果如下所示：
Vignettes in package ‘Biobase’:
ExpressionSetIntroduction
An introduction to Biobase and
ExpressionSets (source, pdf)
esApply esApply Introduction (source, pdf)
BiobaseDevelopment
Notes for eSet developers (source,
pdf)
進(jìn)行一步調(diào)用 vignette 能夠?yàn)g覽PDF格式的內(nèi)容：
vignette("ExpressionSetIntroduction")
也可以使用Web瀏覽器的方式來(lái)查看vignette袁勺，如下所示：
browseVignettes(package="Biobase")
分析幫助
workflows repository 這個(gè)庫(kù)中包含了大量的可計(jì)算文檔(computable documents)雹食，以及描述了如何執(zhí)行某些常見(jiàn)的分析，這些數(shù)據(jù)來(lái)源于已經(jīng)發(fā)布的數(shù)據(jù)期丰。
總結(jié)
- Bioconductor上的所有R函數(shù)都有自己的文檔群叶，以及運(yùn)行案例；
- 所有的Bioconductor包都有自己的vignettes钝荡，它描述了該包中的函數(shù)如何配合使用街立，并且是如何實(shí)現(xiàn)包的目標(biāo)；
- Bioconductor包含許多workflow documents埠通，我們可以通過(guò)這些工作流程文檔來(lái)進(jìn)行學(xué)習(xí)赎离；
- R內(nèi)置了許多基礎(chǔ)函數(shù)用于完成基礎(chǔ)的統(tǒng)計(jì)分析；
- R’s mailing list for elementary questions 與Bioconductor’s support site 上含有非常多的信息植阴，可以用于進(jìn)一步的學(xué)習(xí)蟹瘾。
