轉(zhuǎn)載自http://www.reibang.com/p/1e24935004f7，加入了自己的注釋和理解光酣。

---------ubuntu下lammps的安裝----------

1、前提條件

2救军、安裝需要的三個(gè)軟件

? ? ? 2-1 安裝fftw（快速傅里葉計(jì)算軟件）

? ? ? 2-2 安裝mpich（并行計(jì)算）

? ? ? 2-3 安裝lammps

3财异、配置環(huán)境

---------ubuntu下lammps的安裝----------

1、前提條件

1-1 筆者所用操作系統(tǒng)為Ubuntu18.04唱遭，Ubuntu下安裝LAMMPS并行版需要安裝必要的依賴包戳寸，（重復(fù)安裝無(wú)影響）。

sudo apt-getinstall gcc

sudo apt-getinstall g++

sudo apt-getinstall gfortran

sudo apt-getinstall make

注意： 如果ubuntu的apt-get無(wú)法正常使用請(qǐng)? sudo apt-get update

1-2 準(zhǔn)備安裝包

fftw-3.3.8.tar.gz ?FFTW Download Page

lammps-stable.tar.gz? (解壓后為lammps-22Aug18) ?Download LAMMPS

mpich-3.2.1.tar.gz ?Downloads | MPICH

準(zhǔn)備工作：在 /home/xukang/ 文件夾下建立文件夾/lammps拷泽，將相應(yīng)安裝包分別解壓這個(gè)文件夾中.

創(chuàng)建fftw3和mpich3文件夾用來(lái)安裝

接下來(lái)就是安裝fftw和mpich疫鹊。

2、安裝需要的三個(gè)軟件

2-1 安裝fftw

輸入指令：

$ cd ~/lammps/fftw-3.3.8

$ sudo ./configure--prefix=/home/xukang/lammps/fftw--enbale-shared=yes?

（#安裝命令./configure --prefix=fftw安裝路徑 --enable-shared=yes

#注意：--enable-shared=yes 這個(gè)配置非常重要司致，將fftw設(shè)置為動(dòng)態(tài)庫(kù)拆吆，會(huì)生成 .so 文件。）

$ sudo make

$ make install

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路徑下有Makefile.fftw文件脂矫，

通過(guò)查看以下內(nèi)容可知lammps默認(rèn)fftw調(diào)用路徑為/usr/local锈拨，（暫時(shí)不用修改路徑）

FFT_INC = ? ? ? ? -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include

FFT_PATH =? ? ? -L/usr/local/lib

FFT_LIB = ? ? ? ?? -lfftw3

2-2 安裝mpich

輸入指令：

1.cd ? home/xukang/lammps/mpich-3.2.1

2.sudo ? ./configure--prefix=/home/xukang/lammps/mpich

3.sudo ? make

4.sudo ? make ? install

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路徑下有Makefile.g++_mpich_link文件，

通過(guò)查看以下內(nèi)容可知lammps默認(rèn)mpich調(diào)用路徑為/usr/local羹唠。（暫時(shí)不用修改路徑）

MPI_INC= ? ? ? ? -DMPICH_SKIP_MPICXX-DOMPI_SKIP_MPICXX=1-I/usr/local/include

MPI_PATH= ? ?? -L/usr/local/lib

MPI_LIB= ? ? ? ?? -lmpi-lmpl-lpthread

2-3 安裝lammps

1、串行的安裝

$ cd ? ?? ~/lammps/lammps-22Aug18/src/STUBS娄昆，（串行安裝需要在STUBS先make佩微，并行不需要）

$ sudo? make

$ cd ? ?? ~/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE

該文件夾包括Makefile.mpi、Makefile.serial兩個(gè)編譯文件萌焰。

Makefile.serial用來(lái)串行哺眯，Makefile.mpi用來(lái)并行

打開(kāi)Makefile.serial文件，配置fftw的路徑即可

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路徑下有Makefile.fftw文件扒俯，

通過(guò)查看以下內(nèi)容可知lammps默認(rèn)fftw調(diào)用路徑為/usr/local奶卓，

FFT_INC =? ? ? ? ? ? -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include

FFT_PATH =? ? ? -L/usr/local/lib

FFT_LIB =? ? ? ? -lfftw3

但這里要將/usr/local/改成你的fftw所安裝的路徑一疯，如

FFT_INC = ? ? ? -DFFT_FFTW3 -I/<fftw的安裝路徑>/include

FFT_PATH =? ? ? -L/<fftw的安裝路徑>/lib

2、并行的安裝

打開(kāi)Makefile.mpi文件夺姑，配置mpich和fftw的路徑

首先將下面部分注釋掉墩邀。

LMP_INC =? -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64

（由于lammps運(yùn)行過(guò)程中不需要圖片支持，因而將關(guān)于圖片這幾行斜線部分刪除）

還要需要修改mpich和fftw的路徑文件盏浙，

fftw與串行一樣

mpich與串行類似

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路徑下有Makefile.g++_mpich_link文件眉睹，

通過(guò)查看以下內(nèi)容可知lammps默認(rèn)mpich調(diào)用路徑為/usr/local。

MPI_INC= ? ? ?? -DMPICH_SKIP_MPICXX-DOMPI_SKIP_MPICXX=1-I/usr/local/include

MPI_PATH= ? ? -L/usr/local/lib

MPI_LIB= ? ? ? ? -lmpi-lmpl-lpthread

但這里要將/usr/local/改成你的mpich所在路徑

修改完成后保存就行废膘。

3竹海、接下來(lái)編譯 LAMMPS 的庫(kù)文件,我這里根據(jù)我自己的需求,選擇編譯了部分庫(kù) 文件

lib目錄下

輸入指令：

$? cd ? ? ?? meam

$? sudo ?? make -f Makefile.gfortran

$ cd ? ? ? ? poems

$ sudo ? ? make -f Makefile.g++

$ cd ? ? ? ? reax

$ sudo ? ? make -f Makefile.gfortran

LAMMPS 是通過(guò)各個(gè)模塊來(lái)實(shí)現(xiàn)分子動(dòng)力學(xué)模擬里面不同的功能的,但每 一個(gè)具體的任務(wù)并不是需要用到 LAMMPS 所有的功能,我們可以選擇安 裝一些常用的模塊,等遇到特別的需求時(shí)再來(lái)安裝額外的模塊。每一個(gè)模 塊實(shí)現(xiàn)的具體功能,也通過(guò)查閱 LAMMPS 使用手冊(cè)來(lái)獲知丐黄。

在 src 目錄下運(yùn)行make yes-all（一般不用斋配，電腦容易崩潰）

這個(gè)命令告訴電腦,我要準(zhǔn)備安裝所有的模塊了,然后再用排除法,告訴電 腦,哪些模塊是不要安裝的,比如我一般用不到 user-atc 模塊,那么就make no-user-atc。我也一般用不到 kim,kokkos,voronoi, user-qmmm, gpu, user-cuda, 當(dāng)然,

我用不到不代表你們用不到,要根據(jù)實(shí)際情況來(lái)判斷灌闺。

src目錄下

$ cd ?? lammps/lammps-22Aug18/src/

$make? package-status

$make ? yes-meam

$make ? yes-poems

$make ? yes-reax

4艰争、接著make生成lmp_mpi和lmp_serial的文件

$? sudo? make? mpi?

$? sudo? make? serial

成功的話會(huì)生成lmp_mpi和lmp_serial的文件。

5菩鲜、測(cè)試一下

到/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/examples/min文件夾中

串行

$ /home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_serial <in.min

（可以發(fā)現(xiàn)园细，如果沒(méi)有設(shè)置環(huán)境變量，每次運(yùn)行需要指定lmp_serial的路徑接校，非常麻煩猛频，可見(jiàn)設(shè)置環(huán)境變量的作用）

并行

$/usr/local/bin/mpirun -np 3 /home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_mpi < in.min

3、配置環(huán)境

此外我們可以設(shè)置環(huán)境變量蛛勉，簡(jiǎn)化命令鹿寻。

$ vi .bashrc ? （不行的話為vi. ~/.bashrc）

在最后一行加入

export PATH="$PATH:/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src:/home/xukang/lammps/mpich3/bin:/home/xukang/lammps/fftw/bin"

exportLD_LIBRARY_PATH=/home/xukang/lammps/fftw/lib:/home/xukang/lammps/mpich/lib:/home/**(用戶名)/lammps/lammps-22Aug18/src:$LD_LIBRARY_PATH

（#格式為export PATH="$PATH:/lmp_serial或者lmp_mpi所在的路徑/"）

$ source .bashrc 使得環(huán)境生效

再次測(cè)試一下

到/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/examples/min文件夾中

串行

$ lmp_serial <in.min ? ?? (這就很方便簡(jiǎn)潔了)

然而并行出錯(cuò)了

/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_mpi:errorwhileloading shared libraries:libmpi.so.12:cannotopensharedobjectfile:No such fileordirectory

輸入ldd ~/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_mpi

發(fā)現(xiàn)libmpi.so.12 => not found

應(yīng)該是libmpi.so.12不在你的LD_LIBRARY_PATH路徑下

作者：xukang919

鏈接：http://www.reibang.com/p/1e24935004f7

來(lái)源：簡(jiǎn)書(shū)

著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系作者獲得授權(quán)诽凌，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處毡熏。