目前經(jīng)手的10x HD數(shù)據(jù)辩块，基本上都要進(jìn)行圖像配準(zhǔn)瞄勾。建議先人工對齊塘揣，然后再進(jìn)行spaceranger分析僻造，以免分析完成后發(fā)現(xiàn)對不起齊憋他，還要在調(diào)整后再次跑spaceranger孩饼。
官網(wǎng)： Visium HD Manual Alignment - Official 10x Genomics Support
1. loupe brower調(diào)整圖片方向
（1）準(zhǔn)備圖片
- CytAssist小圖
- HE大圖
（2）安裝loupe browser
（3）打開loupe browser ，軟件里面的提示非常詳細(xì)竹挡，跟著指引走就可以了镀娶，主要步驟如下： - 點(diǎn)擊左下角
image.png - 最下面有HD選項(xiàng)
image.png -
先傳CytAssist圖
image.png - 選擇方向
image.png - 上傳HE大圖
這個(gè)圖通常很大，電腦配置不是特別好的話揪罕，有卡死風(fēng)險(xiǎn)梯码，建議關(guān)閉其他軟件后上傳。 - 選擇兩張圖的共有位置好啰，推薦選擇5-8個(gè)
image.png - 最后導(dǎo)出一個(gè)json文件
2. spaceranger分析
比不校準(zhǔn)多了一個(gè)--loupe-alignment參數(shù)轩娶，用于添加校準(zhǔn)后的json文件。
示例：
spaceranger count \
--id=EX3112360163167 \
--fastqs=/xxxxx/EX3112360163167 / \
--sample=EX3112360163167 \
--transcriptome=/xxxxx/refdata-cellranger-GRCh38-2020-A \
--image=/xxxxx/EX3112360163167 .tif \
--localmem=100 --localcores=8 \
--cytaimage=/xxxxx/EX3112360163167.tif \
--slidefile=/xxxxx/H1-HHHHCVT.vlf \
--r1-length 43 --r2-length 50 \
--probe-set /xxxxx/spaceranger_3.0.0/spaceranger-3.0.0/probe_sets/Visium_Human_Transcriptome_Probe_Set_v2.0_GRCh38-2020-A.csv \
--create-bam true \
--loupe-alignment /xxxxx/json/H1-HHHHCVT-D1-fiducials-image-registration.json
不得不說人眼和大腦的配合真的很難被替代框往，期待圖像識(shí)別算法早日優(yōu)化哦~
