- 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
如果使用在線的Gene sets database，則只需要準(zhǔn)備Expression dataset文件(.txt)罗捎，Expression dataset annotation文件(.cls)讥耗，如果使用本地的Gene sets database枪蘑，則需要提前將database文件(.gmt)下載到本地熙宇。
Expression dataset文件：即基因表達(dá)矩陣围段，主要包括基因名亏栈，樣本名台腥，表達(dá)值
Expression dataset annotation文件：即用于標(biāo)注Expression dataset的樣本數(shù)量，分組信息等注釋信息的文件绒北，主要包含3行黎侈，第一行為三列，第一列表示樣本數(shù)量闷游，第二列為分成多少個組峻汉，第三列為一個固定的數(shù)值1，第二行為分組標(biāo)識脐往，以#開頭休吠，然后是各個分組的組名，第三列為每個樣本所屬的組业簿，順序與Expression dataset文件中的樣本的順序相同
Gene sets database文件：即用于進(jìn)行富集的注釋數(shù)據(jù)庫文件瘤礁，一般是在http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp網(wǎng)站下載文件，網(wǎng)站對每個數(shù)據(jù)庫文件都有相應(yīng)的簡單解釋介紹梅尤，用戶可以根據(jù)自己的需求進(jìn)行下載
用戶也可以根據(jù)自己的需求自己準(zhǔn)備database 文件柜思，該文件主要包含兩個信息，第一列為通路的名稱巷燥，第二列為任意字符赡盘，第三列至結(jié)束列為該通路所包含的基因(至少為1列，也就是說至少包含一個基因)
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加載數(shù)據(jù)
打開GSEA –> 點擊Load data –> 選擇需要加載的文件(使用在線的Gene sets database則只需要加載Gene expression文件和注釋的cls文件缰揪，如果使用本地的database文件陨享，則需要加載本地的gmt文件) –> 打開文件沒有錯誤則加載完成
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Run GSEA
在線選擇Gene sets database：
使用本地Gene sets database：
Run：
等待計算完成：
輸出目錄設(shè)置：此處可以自行設(shè)置結(jié)果輸出的工作目錄
設(shè)置輸出多少張圖：
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查看結(jié)果
打開保存結(jié)果的目錄，找到index.html文件，打開文件就可以查看自己的GSEA所有結(jié)果：
點擊Details可以查看每條通路的具體信息霉咨，并選擇合適自己研究目的條目進(jìn)行展示：
GSEA分析
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