我相信大家在看m6a甲基化相關的文章的時候應該會經(jīng)掣郏看到下面這樣的相關性圖掌呜。就是m6a甲基化相關基因兩兩之間表達的相關性。
今天小編就帶大家來重現(xiàn)這張圖毫目。我們這里還是使用
這篇文章里面得到的CHOL（膽管癌）中16個m6a甲基化相關基因的表達矩陣來舉例嘹朗。具體如何得到m6a甲基化相關基因的表達矩陣也可以參考?m6a甲基化相關基因boxplot并顯示p值
#讀取m6a甲基化相關基因表達譜
m6a_expr=read.table("m6a_expr_with_type.txt",header=T,row.names=1,sep="\t")
#去除最后一列樣本類型
m6a_expr=m6a_expr[,1:16]
#安裝corrplot包
BiocManager::install("corrplot")
#加載corrplot包
library(corrplot)
#計算相關性矩陣
M <- cor(m6a_expr)
#繪制相關性圖
corrplot(M,
method = "circle", #圓圈顯示
addCoef.col="black" #相關系數(shù)用黑色顯示
)
這是用默認參數(shù)得到的一張圖师妙，跟文章中看到的那張圖還是差挺遠的。
1）文章中是斜三角展示的屹培，不是矩形
2）顏色尺度文中是由藍到紅默穴，不是由紅到藍
3）文章中橫軸和縱軸的標簽顏色是黑色樊卓，不是紅色
4）文章中相關系數(shù)字體有大有小睛藻，貌似是跟相關系數(shù)成正比的。
進過進一步的修改我們可以得到如下圖片诺核，這個就跟文章中的圖片很像了溜歪。
完整代碼參考下文
