PyMOL

  • 生信課上,老師介紹了PyMOL軟件镀虐,下面是記錄學(xué)習(xí)到的工具用法耳幢。
  1. 前期準(zhǔn)備
    在PDB上下載目的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的PDF文件。
  2. pymol上的具體操作

(1)點(diǎn)擊菜單欄的File——>open三热,導(dǎo)入下載的PDF文件
(2)展示蛋白不同形態(tài):lines,sticks灾部,spheres康铭,surface,mesh赌髓,dots,ribbon催跪,cartoon锁蠕。
操作:點(diǎn)擊操作框中的S,在出現(xiàn)的框中選擇需要的presentation
(3)各種小命令
hide:隱藏
color 顏色:修改顏色
zoom 氨基酸名稱:可放大制定氨基酸其他對(duì)象會(huì)虛化
bg_color white:可設(shè)置背景顏色為白色
remove (selection):從模型中刪除選擇的原子
show:可選擇固定的原子以不同presentation展示
show reprentation [,object]
show reprentation [,(selection)]
show (selection)

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