最近需要下載一批GSA數(shù)據(jù)赠涮,數(shù)據(jù)存放在國家生物信息中心GSA數(shù)據(jù)庫中溃列,比如我需要下載的數(shù)據(jù)為CRA008542网梢,我們一般要到GSA數(shù)據(jù)庫內(nèi)搜索才能直達(dá)下載鏈接(圖1)。
點(diǎn)擊3之后跳轉(zhuǎn)到檢索結(jié)果頁面(圖2)嚣伐,該頁面中可以查看aspera的命令行糖赔。點(diǎn)擊之后彈出一個(gè)對話框(圖3),首先是命令行轩端,其次是下載key file放典,這個(gè)文件后續(xù)下載過程中會用到。
得到這些結(jié)果之后需要還需要安裝aspera軟件基茵,其具體安裝流程如下
wget -c https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.10.0/ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.tar.gz
tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.tar.gz
bash ./ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.sh
如此這般便將aspera安裝到了linux服務(wù)器上奋构,但其仍不能隨處運(yùn)行,需要配置環(huán)境變量拱层,首先需要找到aspera的安裝路徑弥臼,一般是安裝在~/.aspera
中,找到安裝路徑根灯,配置環(huán)境變量径缅。
到~/.bashrc
文件中添加環(huán)境變量~/.aspera/connect/bin/
即可掺栅,最后保存環(huán)境變量即可。
隨后使用圖3中的命令行進(jìn)行下載
[path/to/ascp] -P33001 -i [path/to/key/file] -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa3/CRA001407 /your/local/path
# 其中[path/to/ascp]是ascp的路徑纳猪,我們已經(jīng)將其配置到了環(huán)境變量中氧卧,因此可以直接使用ascp即可
# 最重要的是[path/to/key/file],這個(gè)便是圖3中的key file氏堤,將其上傳至linux服務(wù)器中沙绝,并配置好路徑就可以了,比如我這里的路徑就是~/gsadown/aspera01.openssh
# 最后鼠锈,/your/local/path是自己的本地存放位置闪檬,自己設(shè)定一個(gè)位置即可
# 因此最后的命令行如下所示
ascp -P33001 -i ~/gsadown/aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa3/CRA001407 ~/gsadown/
同時(shí),ascp可nohup在后臺下載购笆。