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今天我再為大家介紹一個(gè)繪制基因結(jié)構(gòu)的在線小工具：Exon-Intron Graphic Maker翎朱。它可以根據(jù)序列長(zhǎng)度等比例繪制基因的結(jié)構(gòu)元件，如5' UTR艰亮、CDS闭翩、外顯子、內(nèi)含子迄埃、突變位點(diǎn)疗韵、結(jié)構(gòu)域、3' UTR等侄非。下面蕉汪，我們一起來(lái)了解一下Exon-Intron Graphic Maker吧！該在線工具首頁(yè)十分樸素逞怨，如下圖者疤，但是用起來(lái)還是蠻方便的，只要將對(duì)應(yīng)區(qū)域的核酸序列復(fù)制粘貼到下圖對(duì)應(yīng)的文本框中即可叠赦。
不過(guò)驹马，使用該工具的前提是我們需要有基因結(jié)構(gòu)的準(zhǔn)確信息，基因結(jié)構(gòu)信息可以來(lái)自文獻(xiàn)、各種數(shù)據(jù)庫(kù)糯累、GFF基因組注釋文件等算利。例如，ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)中擬南芥WRKY基因泳姐，以轉(zhuǎn)錄組本AT1G66550.1為例效拭；該基因共765bp，254個(gè)氨基酸胖秒，并且有基因結(jié)構(gòu)的準(zhǔn)確信息缎患。
具體做法如下：1. 先把5' UTR和3' UTR序列粘貼到相應(yīng)的文本框中，然后將該基因序列復(fù)制粘貼到中間的文本框中阎肝，注意挤渔，外顯子的序列用大寫(xiě)字母表示，內(nèi)含子的序列用小寫(xiě)字母表示（word中通過(guò)快捷鍵Shift+F3快速切換選中字母的大小寫(xiě)）盗痒，或者蚂蕴，用逗號(hào)將外顯子和內(nèi)含子分隔開(kāi)，空格不納入序列長(zhǎng)度的計(jì)算中俯邓。2. 位置標(biāo)注（Marker location）：可添加轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)骡楼，外顯子、內(nèi)含子等位置信息稽鞭，7種配色可選鸟整。3.蛋白標(biāo)注（Domain location）：需要注意的是，domain的開(kāi)始位置是起始密碼子ATG朦蕴，是基于氨基酸而不是堿基篮条，而且計(jì)數(shù)從1開(kāi)始，如下圖吩抓，以顏色區(qū)分不同區(qū)域涉茧，7種顏色可選。4. 標(biāo)尺默認(rèn)100bp疹娶，可根據(jù)自己的基因長(zhǎng)度適度調(diào)整伴栓。
如上圖，左邊白色的矩形為5'UTR雨饺，右邊白色的多邊形為3'UTR钳垮，中間綠、橙额港、紅為三個(gè)外顯子饺窿，黑色折線為內(nèi)含子，這里我僅簡(jiǎn)單標(biāo)注了轉(zhuǎn)錄組起始位置及外顯子1和內(nèi)含子1-2移斩；該工具可實(shí)時(shí)顯示繪圖結(jié)果肚医，調(diào)整方便绢馍，結(jié)果支持PDF版下載，是一款比較好用的繪圖小工具肠套，有需要的請(qǐng)收藏吧痕貌！
最后奉上Exon-Intron Graphic Maker地址：http://www.wormweb.org/exonintron
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