一、RepeatMasker安裝
Download Page (repeatmasker.org)
Prerequisties
依賴軟件：rmblast、trf、repeat database
- conda可解決的安裝——rmblast报强、trf
conda install rmblast rtf
- RepeatMasker
可在INSTALL說明文件查看安裝步驟
#software目錄下
wget http://repeatmasker.org/RepeatMasker/RepeatMasker-4.1.2-p1.tar.gz
tar -zxvf RepeatMasker-4.1.2-p1.tar.gz
cd RepeatMasker/
#下載repbase
#官網(wǎng)上的下載需要注冊伙单，可網(wǎng)上找一個資源下載
tar -zxvf RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz
perl ./configure
后面就是比較簡單的回車操作
①（告知rtf位置）which trf命令可獲取
②（配置搜索引擎）選擇2(RMblast)→5(Done)
完成后，會生成一個RepeatMasker文件
./RepeatMasker
image.png
若出現(xiàn)這個界面即為安裝成功
如果出現(xiàn)缺失xxx模塊的錯誤提示率翅，可用
#注意模塊如果是大寫 需要改為小寫
conda install perl-xxx
之后就是將軟件添加進(jìn)環(huán)境變量
二材原、RepeatModeler安裝
prerequisties
optional
- conda可解決安裝
conda install recon RepeatScout MAFFT CD-HIT
conda install -c bioconda ltr_retriever
- genome-tools
wget https://github.com/genometools/genometools/archive/refs/tags/v1.6.2.tar.gz
tar -zxvf v1.6.2.tar.gz
cd genometools-1.6.2
less INSTALL
genometools-INSTALL
#threads=yes(repeatmodeler官網(wǎng)說明),-j4(genometools GitHub網(wǎng)站說明)
make 64bit=yes threads=yes cairo=no -j4
3.Ninja
wget https://github.com/TravisWheelerLab/NINJA/archive/refs/tags/0.98-cluster_only.tar.gz
cd
less README
Ninja-Readme
make all
#然后添加進(jìn)環(huán)境變量就可以了
- RepeatModeler
wget http://repeatmasker.org/RepeatModeler/RepeatModeler-2.0.3.tar.gz
cd RepeatModeler-2.0.3
perl ./configure
在這里配置的時候沸久，我的系統(tǒng)提示出現(xiàn)了錯誤
devel::size
conda install -c bioconda perl-devel-size
perl ./configure
#一路回車，但又碰到了錯誤
#需要下載UCSC-tools 為了方便用conda安裝
conda install -c bioconda ucsc-twobittofa
conda install -c bioconda ucsc-twobitinfo
conda install -c bioconda ucsc-fatotwobit
后面就是一系列相關(guān)依賴軟件的路徑設(shè)置余蟹，基本都能找到卷胯，找不到就輸一下就行啦
./RepeatModeler
#最后運(yùn)行一下，安裝成功!
