上期介紹了若干種獲取TCGA數(shù)據(jù)的方法乾戏，今天這期會(huì)落點(diǎn)于TCGA2STAT這個(gè)R包的介紹上模暗，一步步的來(lái)說(shuō)明下載方法岸晦，哪些數(shù)據(jù)是可以下載到的欧啤。
R包的下載
install.packages("TCGA2STAT")
選擇如何的鏡像，咱們?cè)谥袊?guó)启上，就選擇china堂油，這樣的話下載速度會(huì)很快，也容易安裝R包成功碧绞。
可下載的數(shù)據(jù)
1府框、 RNASeq ，默認(rèn)是count類型讥邻，是指下載raw read counts數(shù)據(jù)迫靖。可以改為RPKM兴使，是指下載normalized read counts數(shù)據(jù) (reads per
kilobase per million mapped reads)系宜。
2、RNASeq2发魄，是指來(lái)自the second pipeline的RNASeq基因數(shù)據(jù)盹牧。
3、miRNASeq励幼，默認(rèn)為count汰寓，是指下載raw read counts數(shù)據(jù)；可以改為rpmmm苹粟，是指下載normalized read counts有滑。
4、Mutation嵌削，默認(rèn)為smoatic毛好，是指non-silent somatic mutations 數(shù)據(jù)；改為all苛秕，表示為all mutations數(shù)據(jù)肌访。
5、Methylation艇劫，默認(rèn)為來(lái)自platform為27K吼驶；platform可改為450K。
6、CNA_CGH旨剥，默認(rèn)為415K咧欣，是指CGH Custom Microarray 2x415K ；可改為244A轨帜，是指 CGH Microarray魄咕。
7、mRNA_Array蚌父，默認(rèn)為G450哮兰，是指Agilent 244K Custom Gene Expression G4502A ；可改為U133苟弛，只指Affymetrix Human Genome U133A 2.0 Array喝滞；還可以改為Huex，是指Affymetrix Human Exon 1.0膏秫。
下載格式
getTCGA(disease = "GBM", data.type = "RNASeq2", type = "", filter = "Y",
p = getOption("mc.cores", 2L), clinical = FALSE, cvars = "OS")
上面的參數(shù)的值都為默認(rèn)情況下的右遭，disease包括了33種，"ACC", "BLCA", "BRCA", "CESC", "CHOL", "COAD", "COADREAD", "DLBC","ESCA", "FPPP", "GBM", "GBMLGG", "HNSC", "KICH", "KIPAN", "KIRC", "KIRP", "LAML", "LGG","LIHC", "LUAD", "LUSC", "MESO", "OV", "PAAD", "PCPG", "PRAD", "READ", "SARC", "SKCM","STAD", "TGCT", "THCA", "THYM", "UCEC", "UCS", and "UVM"缤削。
根據(jù)TCGA官網(wǎng)給出的圖窘哈，介紹了目前收集到的數(shù)據(jù)情況：
縱軸表示收集到的病例數(shù)。
- 下面來(lái)舉一個(gè)例子來(lái)說(shuō)明數(shù)的下載：
library(TCGA2STAT)
BRCA <- getTCGA(disease = "BRCA", data.type
= "RNASeq",type = "count", clinical=TRUE)
如果在win系統(tǒng)下亭敢，會(huì)報(bào)錯(cuò)：
Error: TAR is not installed in the system. Data unzip failed.
谷歌查到說(shuō)需要安裝Cygwin軟件滚婉，然后通過(guò)R語(yǔ)言命令來(lái)加載，而且每次使用都必須做加載帅刀，命令如下：
Sys.setenv(TAR="D:/cygwin64/bin/tar",R_GZIPCMD="D:/cygwin64/bin/gzip")
個(gè)人見(jiàn)解
TCGA2STAT這個(gè)包下載數(shù)據(jù)效果太差让腹，不穩(wěn)定，時(shí)常沒(méi)法下載完就中斷了扣溺，及其不穩(wěn)定骇窍。也許你所在地方剛好能很好的下載也說(shuō)不定。
