有粉絲想看免疫評(píng)分建模的純生信發(fā)文思路勃教，現(xiàn)在安排來了科汗。本次分享的范文發(fā)表在Aging-US上，影響因子：4.831梗掰，中科院分區(qū)：3區(qū)，文章作者來自國內(nèi)廣西醫(yī)科大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院嗅回，研究方向是骨肉瘤及穗。
文章題目：A three-gene signature based on tumour microenvironment predicts overall survival of osteosarcoma in adolescents and young adults
研究背景：
目前尚無明確且臨床上適用的骨肉瘤預(yù)后指標(biāo)。因此绵载，本研究有望基于TME相關(guān)基因建立新的預(yù)測模型埂陆，并評(píng)估其在評(píng)估骨肉瘤結(jié)果中的作用，為將來的進(jìn)一步研究提供參考娃豹。
研究方法：
從UCSC Xena網(wǎng)站下載相關(guān)TARGET骨肉瘤患者的基因表達(dá)譜和臨床數(shù)據(jù)焚虱。其中，共有82名25歲以下且存活超過1個(gè)月的患者懂版。GSE21257數(shù)據(jù)庫用作驗(yàn)證鹃栽，包括53位骨肉瘤患者及其臨床信息（年齡，性別躯畴，組織學(xué)亞型和huvos等級(jí)谍咆，腫瘤位置，診斷轉(zhuǎn)移和生存率）私股。所有樣品均取自原發(fā)灶摹察，并通過微陣列檢測基因表達(dá)譜。驗(yàn)證集GSE21257的表達(dá)矩陣數(shù)據(jù)是從GEO數(shù)據(jù)庫下載的倡鲸，R包“ limma”用于質(zhì)量控制和標(biāo)準(zhǔn)化供嚎。計(jì)算具有多個(gè)探針的基因的基因表達(dá)值作為探針的平均值。
研究結(jié)果：
分析了兩組之間的差異表達(dá)基因（DEG）峭状，得到122個(gè)DEG克滴。最后，通過多因素Cox分析從122個(gè)DEG中獲得了具有最小AIC值的三個(gè)基因（COCH优床，MYOM2和PDE1B）劝赔。三基因風(fēng)險(xiǎn)模型（3-GRM）可以從訓(xùn)練（TARGET）和驗(yàn)證（GSE21257）隊(duì)列中區(qū)分高風(fēng)險(xiǎn)患者。此外胆敞，建立了包含3-GRM評(píng)分的列線圖模型并開發(fā)了臨床特征着帽，其中預(yù)測1、3和5年生存率的AUC值分別為0.971移层、0.853和0.818仍翰。此外，在3-GRM高分組中观话，浸潤性免疫細(xì)胞的富集度顯著降低予借，免疫相關(guān)途徑被顯著抑制。
研究結(jié)論：
總之，該模型可以用作預(yù)測青少年和年輕人中骨肉瘤患者的生存的標(biāo)志灵迫。
分析思路：
1秦叛、將免疫評(píng)分和基質(zhì)評(píng)分分別分為高分組（high）和低分組（low），然后合并生存數(shù)據(jù)進(jìn)行生存分析瀑粥，查看預(yù)后價(jià)值
2挣跋、將分好組（high vs? low）的免疫評(píng)分和基質(zhì)評(píng)分合并基因矩陣進(jìn)行差異分析，得到相關(guān)的差異基因利凑，然后將它們的差異基因取交集，得到122個(gè)基因嫌术，再進(jìn)行GO哀澈、KEGG富集分析
3、將122個(gè)基因進(jìn)行批量單因素cox回歸分析度气，一共篩選32個(gè)有顯著性的基因割按，然后用lasso 回歸進(jìn)一步篩選并結(jié)合因素的重要性，最后得到3個(gè)基因進(jìn)行多因素Cox回歸分析
4磷籍、將上述模型得到的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分進(jìn)行生存分析适荣，并且繪制ROC曲線評(píng)估模型以及繪制相關(guān)的熱圖
5、將風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分結(jié)合臨床因素構(gòu)建模型院领，驗(yàn)證風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分是否具有獨(dú)立的預(yù)后價(jià)值弛矛，繪制相關(guān)的森林圖。
6比然、使用GEO數(shù)據(jù)驗(yàn)證模型
7丈氓、分析風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與免疫評(píng)分、基質(zhì)評(píng)分强法、腫瘤浸潤免疫細(xì)胞的相關(guān)性
8万俗、從IMMPORT下載相關(guān)的免疫基因，進(jìn)行差異分析饮怯，得到的差異基因來做GO闰歪、KEGG富集分析，然后進(jìn)行免疫相關(guān)信號(hào)途徑的比較
9蓖墅、風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與臨床病理特征建模繪制列線圖
本文的亮點(diǎn)就是結(jié)合研究熱點(diǎn)免疫評(píng)分進(jìn)行分析库倘，三個(gè)基因的模型都是陽性結(jié)果，并且有額外的GEO數(shù)據(jù)可以驗(yàn)證论矾，這就是優(yōu)勢所在于樟。
