實(shí)話說绕德，這是一個(gè)非常龐大的問題，因?yàn)檫@個(gè)牽扯到服務(wù)器硬件摊阀，系統(tǒng)等軟件因素耻蛇，還有一些網(wǎng)絡(luò)問題導(dǎo)致的玄學(xué)問題，復(fù)雜性導(dǎo)致它很有挑戰(zhàn)胞此。
但是臣咖，我們不能因?yàn)橛刑魬?zhàn)性就放棄了，畢竟總會(huì)不停遇到這個(gè)問題漱牵，而且科研人從不低頭夺蛇。
所以，我不準(zhǔn)備廢話酣胀，直接上結(jié)論：
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R包安裝出錯(cuò)刁赦，九成是某個(gè)依賴的R包安裝失敗導(dǎo)致娶聘，
對(duì)非科班出身的研究人員來說，這類問題大概率源頭上解決不了甚脉，
我的經(jīng)驗(yàn)表明這類問題換個(gè)思路九成都能解決：源碼安裝舊版本丸升！
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舉個(gè)例子
我想安裝余教授課題組開發(fā)的多序列alignment呈現(xiàn)工具，ggmsa
第一步牺氨，確定安裝基本要求
一看依賴我就有點(diǎn)撓頭狡耻，R要求版本4.1.以上，我上次更新R還是安裝服務(wù)器的時(shí)候猴凹，我的R是3.5.1夷狰，所以，我重新裝了一個(gè)R
conda create -n Rv4 python=3.5 -y
conda activate Rv4
conda install -c conda-forge R
意外的安裝成功郊霎！
第二步沼头，按提示安裝
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ggmsa")
CentOS + 非root用戶+新裝的最新版R+圖形呈現(xiàn)用途的R包，不出意外地书劝，報(bào)錯(cuò)了瘫证！
詳細(xì)報(bào)錯(cuò)沒保存，也不重要庄撮，因?yàn)槲遗税胩鞗]解決背捌。
大體是安裝ggmsa需要先安裝ggalt, 而ggalt又依賴于proj4. 安裝 proj4 時(shí)報(bào)錯(cuò)
configure: error: libproj and/or proj.h/proj_api.h not found in standard search locations.
*** Install PROJ library and if necessary set PKG_CPPFLAGS/PKG_LIBS accordingly.
ERROR: configuration failed for package ‘proj4’
網(wǎng)上的解決辦法，五花八門洞斯，我的水平有限毡庆，都試過了，沒有找到適合于非root用戶的解決辦法烙如。
第三步么抗，祭出我的大法：降版本源碼安裝
回到R運(yùn)行：
install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/proj4/proj4_1.0-8.1.tar.gz", repo=NULL, type="source")
安裝成功!
第四步，重新安裝ggmsa
BiocManager::install("ggmsa")
library("ggmsa")
安裝成功亚铁！
總結(jié)：R默認(rèn)安裝最新版本R包蝇刀，但是有時(shí)候你所用的計(jì)算機(jī)年紀(jì)大跟不上腳步，降低版本似乎是比較好的選擇徘溢。
ps: 實(shí)際上版本選擇有個(gè)技巧：安裝A的依賴B時(shí)吞琐，選擇B的版本，其發(fā)布時(shí)間應(yīng)該早于A的然爆，但是不一定全部OK, 例如這里proj4_1.0-8.1我們安裝的版本發(fā)布于2019年站粟，而依賴于它的ggalt_0.4.0發(fā)布于2017年，神奇的是也成功了曾雕，我推測(cè)應(yīng)該是因?yàn)間galt需要使用的proj4部分功能沒有更新的緣故奴烙。
其它R包安裝的問題，我在2019年寫過一篇R包安裝大全，可供參考切诀。
總之揩环，面對(duì)玄學(xué)一樣的計(jì)算機(jī)問題，有時(shí)候換個(gè)角度思考反而能發(fā)現(xiàn)新世界幅虑。
