scDIOR 是一個用于在 R 與 Python 之間進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換的工具衩茸。這個工具主要由兩個部分組成：一個是 R 的包 dior脓斩，另一個是 Python 的庫 diopy由桌。
1. 創(chuàng)建 Conda 環(huán)境并安裝
首先，我們需要在 Conda 中創(chuàng)建一個新的環(huán)境蚌斩，并在其中安裝 dior 和 diopy峻呕。以下是創(chuàng)建環(huán)境并進(jìn)行安裝的步驟：
conda create -n conda_env python=3.8 R=4.0
接著，我們在 R 中安裝 dior：
install.packages('devtools')
devtools::install_github('JiekaiLab/dior')
# 或者使用 devtools::install_github('JiekaiLab/dior@HEAD')
然后在 Python 中安裝 diopy：
pip install diopy
2. 從 R 到 Python 的單細(xì)胞數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換
用戶可以使用 R 的 Monocle3 進(jìn)行軌跡分析掏颊，然后使用 scDIOR 將單細(xì)胞數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為 Python 的 Scanpy糟红，例如剪接和未剪接的表達(dá)譜，以及單細(xì)胞布局乌叶。表達(dá)譜可以用于進(jìn)行動態(tài) RNA 速度分析盆偿，結(jié)果可以在 Monocle3 的布局上進(jìn)行投影。
以下是在 R 中寫入數(shù)據(jù)准浴，然后在 Python 中讀取數(shù)據(jù)的代碼：
# 在 R 中
dior::write_h5(data, file='scdata.h5', object.type = 'singlecellexperiment')
# 在 Python 中
adata = diopy.input.read_h5(file = 'scdata.h5')
3. 從 Python 到 R 的單細(xì)胞數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換
用戶可以使用 Scanpy 提供的單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理和標(biāo)準(zhǔn)化方法事扭，并使用 Seurat 提供的批次校正方法。
以下是在 Python 中寫入數(shù)據(jù)乐横，然后在 R 中讀取數(shù)據(jù)的代碼：
# 在 Python 中
diopy.output.write_h5(data_py, file = 'scdata.h5')
# 在 R 中
adata = dior::read_h5(file='scdata.h5', target.object = 'seurat')
4. 空間組學(xué)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)輸入輸出
scDIOR 支持在 R 和 Python 平臺之間進(jìn)行空間組學(xué)數(shù)據(jù)的輸入輸出求橄。
以下是在 R 中寫入數(shù)據(jù)，然后在 Python 中讀取數(shù)據(jù)的代碼：
# 在 R 中
dior::write_h5(data, file='scdata.h5', object.type = 'singlecellexperiment')
# 在 Python 中
adata = diopy.input.read_h5(file = 'scdata.h5')
