先簡單介紹一下逻谦，本人在江南大學傳統(tǒng)發(fā)酵食品中心讀研學習乒疏，今年（2019年）是研二在讀蓖议，在前段時間的學習過程中也是歷盡艱辛，跨過了整個擴增子的生信分析的第一個小坎蛮艰，加上上周末實驗室里已經(jīng)畢業(yè)的師兄前來指導腋腮，也就誕生了寫一個個人博客記錄學習過程的想法。其實壤蚜，最開始學習的時候師姐也提過要經(jīng)常記錄的事即寡，但那會也不懂事，覺得自己都記得住袜刷，結(jié)果小半年過去之后聪富，當時干了啥一點印象都沒有了，因此著蟹，也算是給自己一個警醒墩蔓，學習就要有學習的樣子，多做記錄萧豆，畢業(yè)的時候也會有些回憶的憑借奸披。
最近，實驗室有一些關(guān)于做宏基因組和基因組組裝的需求涮雷，我也就趁機做一些整理記錄個人體會阵面。由于本人不擅長把想法轉(zhuǎn)換成文字，既然有劉永鑫老師的那些博文記錄珠玉在前洪鸭，因此還是希望擴增子小白們還是先系統(tǒng)的學習劉老師的內(nèi)容样刷，我所記錄的這些就當是閑時打發(fā)時間的讀物就行了。
言歸正傳览爵，在擴增子學習過程中置鼻，一直都是在XShell平臺下操作服務(wù)器完成分析任務(wù)的，因此整理了一些擴增子分析中常規(guī)的命令拾枣，僅供參考沃疮。
需要提前說明的是盒让，linux環(huán)境下的命令輸入后都是需要帶空格的梅肤，千萬不要忘了司蔬。
正常我們服務(wù)器的登錄界面是這樣的，登錄完成后需要進行一些基本的操作確認操作環(huán)境姨蝴，首先需要輸入ll或者ls俊啼，展現(xiàn)當前路徑下的文件有哪些：
當我們想進入一個文件夾查看里面有哪些文件的時候，就輸入cd空格文件名：
光進入還不行，如果進錯文件夾了就要退出浮梢，退出需要輸入cd .. :
在這個目錄下有許多文件，藍色的是文件夾秕硝，需要用cd進入芥映，紫色的都是帶有內(nèi)容的文件了，查看文件可以用cat：
或者less命令：
但是這只是查看文件，如果想修改文件怎么辦呢躯护？
可以試試vim命令：
sh文件是一個特殊的文件惊来，可以提交集群，后臺分析的命令文件棺滞，因此經(jīng)常會需要根據(jù)需要進行修改裁蚁。在sh文件的vim修改命令下，按 i 才可以開始輸入（insert）继准，當修改完成后厘擂，先按Esc退出修改模式，再輸入冒號：锰瘸，在冒號后輸入wq刽严，表示保存并退出，這樣才能保存所有插入的內(nèi)容避凝。其他文件同理舞萄。
還有一些零零散散會用到的命令：
需要查看當前路徑或者位置，輸入pwd即可：
創(chuàng)建新文件夾用mkdir:?
把一個文件復(fù)制到另一個文件夾里：
那么什么是絕對路徑呢崎弃？就是輸入pwd命令后出現(xiàn)的那個位置：?
如果需要刪除文件甘晤，需要用到rm -rf命令：
當然，在XShell里是可以采用可視化的操作的饲做，在工具欄里有一個文件夾一樣的圖標（Ctrl+Alt+F）线婚，點擊即可進行windows主機與服務(wù)器之間的通訊工作，移動文件盆均，來回拷貝塞弊，新建與刪除均可采用鼠標完成。
以上就是我平時用的最多的命令了泪姨，我之前看過一些關(guān)于linux十大命令之類的文章游沿，這些文章都提到了一個點，我們使用linux是為了使用不是為了編程肮砾，因此不需要把那么多命令都記住诀黍，只需要記住幾個常用的命令，做到熟練進行操作就行仗处，文中提到的這些命令眯勾，幾乎每一個任務(wù)都可能需要用到，因此拿出來進行解釋疆柔，其他還有一些進階命令咒精，（個人意見，勿噴）尤其是提高任務(wù)效率的命令才是linux中的精髓旷档，只是囿于個人水平有限才會難以招架模叙。
