在使用soremerna時，遇到了一個有點頭疼的問題，在soremerna數(shù)據(jù)比對和過濾時都暢通無阻轰传，但是在寫入時候直接報錯幔嫂，進而導(dǎo)致整個進程停止
以下是報錯信息
image
報錯代碼
invalid combination of output options: rule '1both 1-file and 2-files specified' violated
這是我的輸入代碼
sortmerna --index 0 --threads 8 /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-16s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-16s-id90.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-18s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-28s-id98.fasta /
--reads trimmed_mus_rna/SRR1374921_trimmed.fq.gz /
--reads trimmed_mus_rna/SRR1374922_trimmed.fq.gz /
--reads trimmed_mus_rna/SRR1374923_trimmed.fq.gz /
--reads trimmed_mus_rna/SRR1374924_trimmed.fq.gz /
--workdir /home/ergou/Desktop/rna-seq/tools/sortmerna/sortmerna_run/ --fastx --log --aligned aligned_rRNA/ --other clean_rna/
因為我的測試數(shù)據(jù)有四個辆它，即SRR1374921_trimmed.fq.gz、SRR1374922_trimmed.fq.gz履恩、SRR1374923_trimmed.fq.gz锰茉、SRR1374924_trimmed.fq.gz 在參照網(wǎng)上的教程時發(fā)現(xiàn)有許多都是直接用--reads將數(shù)據(jù)全部列入。但是我忽略了一點似袁，這些教程的數(shù)據(jù)都是雙端測序數(shù)據(jù)洞辣，而我的是單端測序數(shù)據(jù)，因此在寫入報告時soremerna無法識別到我的數(shù)據(jù)是能夠配對的數(shù)據(jù)昙衅，因此直接報錯了
解決方法：
分四次將數(shù)據(jù)輸入：每次只使用一次reads扬霜，改變--reads后的對象將數(shù)據(jù)分四次輸入
sortmerna --index 0 --threads 8
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-16s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-16s-id90.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-18s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-28s-id98.fasta /
--reads /home/ergou/Desktop/rna-seq/output/Quality_control/trim_galore/SRR1374921_trimmed.fq.gz
--aligned aligned_rRNA/ --other clean_rna/ --workdir /home/ergou/Desktop/rna-seq/tools/sortmerna/sortmerna_run/ --fastx --log
使用shell腳本：
原理也是將數(shù)據(jù)分四次輸入，不過它會自動執(zhí)行
for ((i=22;i<=23;i++));do sortmerna --index 0 --threads 8 /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-16s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-16s-id90.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-18s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-28s-id98.fasta /
--reads /home/ergou/Desktop/rna-seq/output/Quality_control/trim_galore/SRR1374${i}_trimmed.fq.gz
--aligned aligned_rRNA/ --other clean_rna/ --workdir /home/ergou/Desktop/rna-seq/tools/sortmerna/sortmerna_run/ --fastx --log
;done
