單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序是近幾年最熱門的組學(xué)技術(shù)之一打洼，在很多高分文章中單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)頻繁出現(xiàn)龄糊。除去單細(xì)胞數(shù)據(jù)本身質(zhì)量和數(shù)據(jù)中挖掘到的重點(diǎn)分子，數(shù)據(jù)的可視化展示也是一篇文章的組成核心募疮。CNS或者其他高質(zhì)量文章中單細(xì)胞的可視化能夠條例清晰炫惩，直觀明確地表達(dá)出作者希望闡述的單細(xì)胞數(shù)據(jù)特征。但是阿浓，基礎(chǔ)流程提供的常規(guī)基礎(chǔ)分析結(jié)果他嚷，往往數(shù)據(jù)可視化結(jié)果與高分文章中的圖片相差甚遠(yuǎn)。
在過去的一年中芭毙，SBC突破重重困難筋蓖，經(jīng)過大量的調(diào)研與分析，總結(jié)了100篇高分單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)退敦，統(tǒng)計(jì)了文獻(xiàn)中出現(xiàn)的圖表類型粘咖，次數(shù)，展示形式苛聘，并將其一一復(fù)現(xiàn)涂炎，為您的單細(xì)胞數(shù)據(jù)向著文獻(xiàn)發(fā)表更進(jìn)一步。
01??細(xì)胞分群圖
單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理之后设哗，我們就開始分析細(xì)胞聚類分群和細(xì)胞類型鑒定×襟埃基于每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)情況网梢，進(jìn)行細(xì)胞聚類。為了直觀地了解分群結(jié)果赂毯，我們需要畫降維可視化圖（TSNE/UMAP）战虏。我們看到相關(guān)圖片存在于90%文獻(xiàn)中拣宰，共出現(xiàn)超200次。文章中的展示圖大多是下面的這種方式烦感，經(jīng)過細(xì)胞注釋后標(biāo)注到細(xì)胞分群圖中巡社，即使縮小放到文章中，看起來也是色彩和諧手趣，標(biāo)簽清晰晌该，一目了然。
但當(dāng)您自己同樣用Seurat包畫出的展示圖（如下）卻是……绿渣，默認(rèn)配色比較普通朝群，放到文章中縮小到相同比例，就看不清坐標(biāo)系和分群結(jié)果中符，致使文章遜色姜胖。
怎么樣能得到更加美觀的，發(fā)文章直接能用的圖呢淀散，用心打造經(jīng)典右莱，我們通過人工的多次調(diào)試與修正，得到如文章中的展示結(jié)果档插，如下：
02??按樣本/分組分群圖
除細(xì)胞分群圖外隧出，當(dāng)單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)是多樣本時(shí)，我們也需要看樣本/分組在分群中的位置或者占比阀捅。相關(guān)圖片在文獻(xiàn)中超過50%以上出現(xiàn)胀瞪，共出現(xiàn)198次。文獻(xiàn)中的展示形式如下：
我們按照文章中的展示形式復(fù)現(xiàn)如下饲鄙，展示方式和細(xì)胞分群圖相似凄诞，通過用心的調(diào)試，盡量考慮每個(gè)研究的樣本數(shù)忍级，細(xì)胞數(shù)帆谍，總體分布和諧性：
03??細(xì)胞豐度統(tǒng)計(jì)圖
細(xì)胞分群圖在視覺上看起來很絢目，但是無法直觀地看出占比轴咱，這時(shí)候就需要細(xì)胞豐度統(tǒng)計(jì)圖汛蝙，按樣本/分組展示細(xì)胞群的比例結(jié)果或者每個(gè)細(xì)胞群中樣本的占比情況。在文獻(xiàn)中看到相關(guān)圖片出現(xiàn)比率超過75%朴肺，圖片數(shù)量超過300次窖剑。
我們所展示的柱狀圖左邊的是每個(gè)細(xì)胞群中樣本的占比，橫坐標(biāo)是細(xì)胞群戈稿，縱坐標(biāo)為樣本占比數(shù)據(jù)西土，柱子代表樣本，不同顏色代表不同樣本鞍盗；右邊為每個(gè)樣本中的細(xì)胞群占比展示圖需了。根據(jù)項(xiàng)目的需要跳昼，可進(jìn)行多種樣式調(diào)整：
除柱狀圖以外，我們還提供了多種展示形式供君選擇肋乍，如堆疊圖鹅颊，餅圖。
此外墓造，如果原始數(shù)據(jù)差異不同堪伍，可以改變展示圖的部分參數(shù)，使得展示效果更明顯一些滔岳。
以上幾個(gè)基本的展示形式杠娱，F(xiàn)igure 1的輪廓基本成型，結(jié)果如下圖所示：
本篇只闡述了細(xì)胞聚類和細(xì)胞統(tǒng)計(jì)的展示方式谱煤，其他分析且聽下回分解摊求，本次的分享就到這里。
