下載2.24.0 源包凌受，修改R文件夾中 order_cell.R \ Beam.R
# order_cell.R
# 原來(lái)：
if(class(projection) != 'matrix')
# 直接注釋掉或者刪除 這行
# if(class(projection) != 'matrix')
# Beam.R
# 原來(lái)：
if (progenitor_method == "duplicate")
# 改為：
if ('duplicate' %in% progenitor_method)
# 原來(lái)：
else if (progenitor_method == "sequential_split") {胜蛉。誊册。案怯。 }
# 改為：
else if('sequential_split' %in% progenitor_method){}
install.packages(c('sparsesvd','docopt'))
install.packages("qlcMatrix")
devtools::install_local(path = "/download/monocle")
【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組】從0開(kāi)始-monocle2安裝流程 - 知乎 (zhihu.com)
image.png
monocle/R /utils.R
從 class(x) %in% c("dgCMatrix", "dgTMatrix") 改為any(class(x) %in% c("dgCMatrix", "dgTMatrix"))
并且將這兩行注釋：
if (class(cellData) != "matrix" && isSparseMatrix(cellData) == FALSE){ stop("Error: argument cellData must be a matrix (either sparse from the Matrix package or dense)") }
作者：100顆樹(shù)
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來(lái)源：簡(jiǎn)書
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# 原來(lái)：
if (x@family@vfamily %in% c("negbinomial", "negbinomial.size")) {
# 改為：
if (any(x@family@vfamily %in% c("negbinomial", "negbinomial.size"))) {省略...}
