接著day51碾篡，繼續(xù)作圖：
cut_off_pvalue= 0.05
cut_off_logFC = 1 #改變倍數(shù)為2虱而，即log2(2)=1
DEG$Sig = ifelse(DEG$pvalue < cut_off_pvalue &
abs(DEG$log2FoldChange) >= cut_off_logFC,
ifelse(DEG$log2FoldChange> cut_off_logFC ,'Up','Down'),'None')
說明
先設(shè)置pvalue和logFC的閾值
根據(jù)閾值分別為上調(diào)基因設(shè)置‘up’，下調(diào)基因設(shè)置‘Down’开泽，無差異設(shè)置‘None’牡拇，保存到change列，change列是后面用來設(shè)置火山圖點的顏色用穆律。
log2FlodChange的數(shù)值是foldchange取了log2的值惠呼。比如foldchage為2，log2(2)=1峦耘，log2(4)=2, log2(1.5)=0.585剔蹋，log2(1.2)=0.263。
log2(0.5)=-1, log2(0.25)=-2辅髓，log2(0.6667)=-0.585, log2(0.8333)=-0.263泣崩。
根據(jù)具體情況可以調(diào)整這個數(shù)值少梁。
library(ggplot2)
ggplot(DEG, aes(x = log2FoldChange, y = -log10(pvalue), colour=Sig)) +
geom_point(alpha=0.4, size=3.5) +
scale_color_manual(values=c("#546de5", "#d2dae2","#ff4757"))+
# 輔助線
geom_vline(xintercept=c(-1,1),lty=4,col="black",lwd=0.8) +
geom_hline(yintercept = -log10(cut_off_pvalue),
lty=4,col="black",lwd=0.8) +
# 坐標(biāo)軸
labs(x="log2(Fold Change)",
y="-log10 (P-value)")+
theme_bw()+
ggtitle("Volcano Plot")+
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5),
legend.position="right",
legend.title = element_blank()
)
說明
上面命令中 log2FoldChange、pvalue和cut_off_pvalue幾個參數(shù)可以做調(diào)整律想。
