pvalue(pval): 統(tǒng)計(jì)學(xué)差異顯著性檢驗(yàn)指標(biāo)琐簇。qvalue(p-adjusted): 校正后的p值（qvalue=padj=FDR=Corrected p-Value...
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生信分析中的p值谊囚，q值叁幢，padj值和pvalue值
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【點(diǎn)】p value轧房、FDR玛痊、q value
假設(shè)檢驗(yàn)： 一般步驟： 1.設(shè)定假設(shè)后需要驗(yàn)證：假設(shè)0一般都是“處理組和對(duì)照組無(wú)區(qū)別” 2.構(gòu)建檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量：根據(jù)樣本數(shù)據(jù)計(jì)算統(tǒng)計(jì)量和檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量 3.設(shè)定置信區(qū)間：根據(jù)檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)...
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【譯文】時(shí)間序列預(yù)測(cè)的基本原理本文詳細(xì)說(shuō)明了進(jìn)行時(shí)間序列預(yù)測(cè)的步驟传趾。 我們被隨處可見(jiàn)的模式所包圍晤郑，人們可以注意到四季與天氣的關(guān)系模式永脓，以交通量計(jì)算的交通高峰期的模式袍辞，你的心跳或者是股票市場(chǎng)和某些產(chǎn)品的銷(xiāo)售...
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交叉驗(yàn)證、模型評(píng)估1 模型的選擇（選超參數(shù)） 交叉驗(yàn)證（Cross validation)常摧，用于防止模型過(guò)于復(fù)雜而引起的過(guò)擬合搅吁，有時(shí)亦稱(chēng)循環(huán)估計(jì)威创。 它是一種統(tǒng)計(jì)學(xué)上將數(shù)據(jù)樣本切割成較小子集的實(shí)...
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sklearn學(xué)習(xí)筆記——支持向量機(jī)SVMSupport Vector Machines scikit-learn中SVM的算法庫(kù)分為兩類(lèi)，一類(lèi)是分類(lèi)的算法庫(kù)谎懦，包括SVC肚豺，NuSVC，和LinearSVC 3個(gè)類(lèi)界拦。另...
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似然比檢驗(yàn) (LR test)計(jì)量中檢驗(yàn)的一般套路是以 p-value 顯著吸申、拒絕原假設(shè)為理想情況，然而總有幾個(gè)檢驗(yàn)的假設(shè)是不按套路出牌的享甸。Hansen 檢驗(yàn)算一個(gè)截碴，LR 檢驗(yàn)算第二個(gè)。 Stata 應(yīng)用...
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2021-09-16差異表達(dá)基因時(shí)的Log2FC和FDR值的含義蛉威？轉(zhuǎn)錄組分析差異表達(dá)[https://www.plob.org/tag/%e5%b7%ae%e5%bc%82%e8%a1%a8%e8%be%be]基因時(shí)日丹，結(jié)果中會(huì)出現(xiàn)Log2F...
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生統(tǒng)筆記1- 差異表達(dá)分析中的log2FC和FDRlog2FC log2FC中的FC即 fold change，表示兩組樣品間表達(dá)量的比值蚯嫌，對(duì)其取以2為底的對(duì)數(shù)之后即為log2FC哲虾。一般默認(rèn)取log2FC絕對(duì)值大于1為差異基...
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DESeq2中的似然比檢驗(yàn)(LRT)前言 DESeq2的LRT又稱(chēng)之為似然比檢驗(yàn)，用于檢驗(yàn)跨兩個(gè)以上組別評(píng)估表達(dá)變化齐帚，比方說(shuō)以多個(gè)時(shí)間點(diǎn)作為分組妒牙， 似然比檢驗(yàn)簡(jiǎn)介 似然比檢驗(yàn)是用于研究你的兩個(gè)統(tǒng)計(jì)學(xué)模型是否有差...
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單變量、雙變量和多變量分析之間的區(qū)別
單變量分析是數(shù)據(jù)分析中最簡(jiǎn)單的形式对妄，其中被分析的數(shù)據(jù)只包含一個(gè)變量湘今。因?yàn)樗且粋€(gè)單一的變量，它不處理原因或關(guān)系剪菱。單變量分析的主要目的是描述數(shù)據(jù)并找出其中存在的模式摩瞎。 可以將變...
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繪制ROC曲線、找截?cái)嘀档膬煞N軟件操作方法如何用SPSS和Medcalc來(lái)繪制ROC曲線孝常，并找到截?cái)嘀怠?假設(shè)某實(shí)驗(yàn)室人員選用一種新方法對(duì)同一批患者進(jìn)行了診斷旗们，患者的真實(shí)狀態(tài)已知。actual代表真實(shí)患病狀態(tài)构灸，即以金...
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ROC曲線——相關(guān)文獻(xiàn)實(shí)例上渴、原理和繪制方法前言 最近接觸到ROC曲線相關(guān)的問(wèn)題，因此下面整理出相關(guān)的文章喜颁，記錄相關(guān)原理和應(yīng)用稠氮。 數(shù)據(jù)分析最讓人著迷的一種用途是可以基于現(xiàn)有數(shù)據(jù)創(chuàng)建能夠區(qū)分不同類(lèi)型情景的機(jī)器學(xué)習(xí)預(yù)測(cè)模型...
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2021-01-30網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)-1
什么是靶點(diǎn)？ 看網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)文章里半开，常常提到活性成分-靶點(diǎn)-疾病隔披。另外2個(gè)都好理解，但什么是靶點(diǎn)寂拆？藥物與機(jī)體生物大分子的結(jié)合部位即藥物靶點(diǎn)奢米，包括受體抓韩、酶、離子通道鬓长、轉(zhuǎn)運(yùn)體谒拴、免疫...
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關(guān)于P-value，及顯著與多重檢驗(yàn)校正
P-value：通俗的說(shuō)就是--犯錯(cuò)誤的概率痢士。 在任何一個(gè)嚴(yán)謹(jǐn)?shù)目茖W(xué)測(cè)量中彪薛，我們判斷兩個(gè)數(shù)值是否有差異，必須要考慮這個(gè)差異可能來(lái)源兩個(gè)方面：可能是真實(shí)的差異怠蹂，也可能來(lái)自檢測(cè)誤...
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GO和KEGG富集倍數(shù)（Fold Enrichment）如何計(jì)算前面我們簡(jiǎn)單介紹過(guò)ggplot2畫(huà)KEGG富集柱形圖[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3...
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R語(yǔ)言存在NA的p-value計(jì)算Summary：t.test計(jì)算存在NA值的data時(shí)豆茫，默認(rèn)的mean格式為mean(x, na.rm=TRUE), 也就是每組的NA不計(jì)入每組的個(gè)數(shù)中。 驗(yàn)證： 1. da...
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假設(shè)檢驗(yàn) p-value屋摇，F(xiàn)DR揩魂，q-value
1、p-value 單個(gè)假設(shè)檢驗(yàn)中主要依靠p值(或統(tǒng)計(jì)量t)做出是否拒絕零假設(shè)H0的決定：p-value和預(yù)先設(shè)定的檢驗(yàn)水準(zhǔn) α 做對(duì)比炮温，如果p-value小于等于α火脉，拒絕原...
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Perl 超幾何分布計(jì)算
1. 超幾何分布公式 超幾何分布檢驗(yàn)在生信中使用是比較多的，典型的就是 GO 和 KEGG Pathway 的富集分析柒啤。 超幾何分布常用來(lái)表示在 N 個(gè)物品中有指定商品 M...