zzxzzx9841

請(qǐng)問(wèn)一下PrepSCTFindMarkers這個(gè)函數(shù)是不是只需要在integrated的數(shù)據(jù)集用呀淘这？

新-03.使用SCTransform標(biāo)準(zhǔn)化流程質(zhì)控降維

具體改進(jìn)： 使用了Seurat官網(wǎng)更新的最新標(biāo)準(zhǔn)化方法SCTransform v2拟逮，此方法在下游注釋中可更佳清晰的分辨細(xì)胞亞群撬统。 添加了Harmony算法以對(duì)樣本間批次效應(yīng)進(jìn)...

科研小徐

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zzxzzx9841

您好，請(qǐng)問(wèn)這個(gè)函數(shù)是不是只需要在intagreted的數(shù)據(jù)集用岸仄恋追？

seurat-PrepSCTFindMarkers源碼解析

一、FindAllMarkers()函數(shù)報(bào)錯(cuò) 最近事情太多罚屋，好久沒(méi)有寫(xiě)簡(jiǎn)書(shū)苦囱，斷更很久，慚愧脾猛。前幾天撕彤，將服務(wù)器的seurat包升級(jí)到4.1.0版本，在跑單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組流程的時(shí)候發(fā)...

whitebird

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zzxzzx9841

想問(wèn)一下尖滚，為什么我用fastq-dump拆分也只能拆分出一個(gè)文件呀喉刘？參數(shù)設(shè)置的和您是一樣的??

2020-11-08 SRA上那些奇怪的10x Genomics數(shù)據(jù)

寫(xiě)這個(gè)記錄的緣由，是我在生信技能樹(shù)[https://wemp.app/accounts/9b0e20f5-631b-40f3-8f16-4bdb30bc9753]上看到這樣一...

Yuchen_Li

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zzxzzx9841

請(qǐng)問(wèn)如果是這樣的文件：R1是cDNA，R2是index，R3的前10nt是UMI蛛蒙，要怎么處理呀糙箍？直接count嘛（雙端測(cè)序）

cellranger count使用

1、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件牵祟，那么就直接上cellranger count深夯。氮素，如果你是I1/R1/R2的數(shù)據(jù)诺苹，那就麻煩還要跑個(gè)cellranger m...

謝京合_數(shù)據(jù)分析人

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