240 發(fā)簡信
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  • 您好厚满，我的juicer是安裝的1.6版本的吆你，但是一直報錯戴甩，請問一下您之前有遇到過嘛舍败？[main] CMD: bwa mem -SP5M -t 40 /data/xueqin/Project/juicer/references/test_ctg.fa /data/xueqin/Project/juicer/work/splits/test_hic_R1.fastq.gz /data/xueqin/Project/juicer/work/splits/test_hic_R2.fastq.gz
    [main] Real time: 27144.798 sec; CPU: 1074465.751 sec
    (-: Align of /data/xueqin/Project/juicer/work/splits/test_hic.fastq.gz.sam done successfully
    awk: /data/xueqin/Project/juicer/scripts/common/chimeric_blacklist.awk: line 671: function and never defined
    awk: /data/xueqin/Project/juicer/scripts/common/chimeric_blacklist.awk: line 671: function and never defined
    awk: /data/xueqin/Project/juicer/scripts/common/chimeric_blacklist.awk: line 671: function and never defined
    awk: /data/xueqin/Project/juicer/scripts/common/chimeric_blacklist.awk: line 671: function and never defined
    awk: /data/xueqin/Project/juicer/scripts/common/chimeric_blacklist.awk: line 671: function and never defined
    ***! Failure during chimera handling of /data/xueqin/Project/juicer/work/splits/test_hic.fastq.gz

    Juicer: 輔助基因組組裝

    Juicer: 輔助基因組組裝 導(dǎo)讀 本文主要對處理HiC數(shù)據(jù)的Juicer程序進(jìn)行一個簡短的介紹燕鸽，并展示如何利用Juicer進(jìn)行基因組組裝中染色體掛載的第一步兄世。 1. 介紹...

  • 您好，我想問一下P01TYD20308306-1_r64030_20201110_065049_1_A02.subreads.fasta是什么文件呀削解？是怎么獲取的呀富弦？感謝感謝

    De novo組裝#04 | 基因組去冗余（purge_dups）

    寫在前面 冗余序列的產(chǎn)生和多種因素有關(guān)，如 CLR 的測序錯誤氛驮，基因組自身的雜合性和重復(fù)序列的影響等等腕柜，purge_dups軟件能根據(jù)read深度分析組裝中haplotigs...

  • @Mr_我愛讀文獻(xiàn) 好的好的，謝謝老師

    系統(tǒng)發(fā)育比較分析—R

    系統(tǒng)發(fā)育樹是研究物種進(jìn)化歷史必不可少的信息矫废，我們可以利用它得到一些重要歷史線索盏缤，如： 生物多樣性（物種形成或滅絕）； 物種性狀進(jìn)化與多樣化（Character evoluti...

  • 老師，您好律杠，我想咨詢一下潭流，如果僅有幾個物種出現(xiàn)兩種性狀還能做系統(tǒng)發(fā)育信號檢測嘛？是將這種情況視為新的性狀還是應(yīng)該怎么做呀俩功？感謝感謝

    系統(tǒng)發(fā)育比較分析—R

    系統(tǒng)發(fā)育樹是研究物種進(jìn)化歷史必不可少的信息幻枉，我們可以利用它得到一些重要歷史線索碰声，如： 生物多樣性（物種形成或滅絕）诡蜓； 物種性狀進(jìn)化與多樣化（Character evoluti...

  • 您好，請問一下smudge_pairs是怎么安裝上的呀胰挑，我一直沒安裝上這個,kmc里面也沒有找到蔓罚，麻煩您啦

    用k-mer分析進(jìn)行基因組調(diào)查：（四）用GenomeScope評估基因組特征+用Smudgeplot估計倍性

    （全文約3500字） 【推薦】用Smudgeplot評估物種倍性后，用組合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍體物種的基因組調(diào)查瞻颂，用組合KMC+Genome...

  • 您好豺谈，我想請問一下，您在安裝KmerGenie這個軟件的時候贡这，是否遇到這個問題/home/xueqin/miniconda3/envs/r423/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/11.2.0/ctime:80:11: error: 'timespec_get' has not been declared in '::'
    80 | using ::timespec_get;
    | ^~~~~~~~~~~~
    make[1]: *** [Makefile:519: Common/ntcard-Uncompress.o] Error 1
    make[1]: Leaving directory '/data/xueqin/software/kmergenie-1.7051/ntCard'
    make: *** [Makefile:365: all] Error 2

    kmergenie 安裝及使用

    由于需要做微生物的De novo無參組裝茬末，查了一些資料發(fā)現(xiàn)大多軟件需要先確定K值，而kmergenie能夠根據(jù)數(shù)據(jù)的得到最佳的K值盖矫，下邊記錄一下安裝過程 依賴： python...

  • 您好丽惭，您在安裝kmergenie時，是否遇到這種情況呀辈双？麻煩您啦/home/xueqin/miniconda3/envs/r423/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/11.2.0/ctime:80:11: error: 'timespec_get' has not been declared in '::'
    80 | using ::timespec_get;
    | ^~~~~~~~~~~~
    make[1]: *** [Makefile:519: Common/ntcard-Uncompress.o] Error 1
    make[1]: Leaving directory '/data/xueqin/software/kmergenie-1.7051/ntCard'
    make: *** [Makefile:365: all] Error 2

    基因組組裝----SOAPdenovo2

    1.基因組組裝的流程 基因組組裝的大概流程如下： (1) 測序得到raw reads序列责掏。 (2) Reads質(zhì)量評估。 (3) 原始reads質(zhì)控湃望。 (4) 選擇合適的參數(shù)...

  • 您好换衬，請問一下modeltest-ng最終輸出的Commands:中是沒有MrBayes的命令嘛痰驱？還是可以設(shè)置的嘛？謝謝您

    使用modeltest-ng和raxml-ng構(gòu)建ML系統(tǒng)發(fā)育樹

    雖然簡單瞳浦，但絕對首發(fā)……該給自己的系統(tǒng)發(fā)育構(gòu)建流程升級了担映，新版本軟件不僅速度快，而且對用戶友好叫潦！ modeltest-ng 的速度是真的飛快另萤！modeltest-ng 和 r...

  • 您好，我想問一下诅挑，您這個/usr/local/bin/ParaAT2.0是您軟件安裝的絕對路徑嘛四敞？因為我設(shè)置了絕對路徑還是不能直接運行ParaAT.pl，謝謝您

    2021-09-16

    ParaAT2.0 下載和安裝 接觸Linux第一天拔妥，短期目標(biāo)是Ka/Ks計算 參考好幾位網(wǎng)友大神的帖子開始linux系統(tǒng)中Ka/Ks的計算 首先用wget 下載 Para2...

  • 你好忿危，我想請問一下orthofinder篩選得到的直系同源基因會包括葉綠體基因嘛？謝謝您

    OrthoFinder尋找同源基因并建樹

    提到尋找物種之間的同源基因没龙，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） 铺厨，OrthoMCL是現(xiàn)在用的最多的一款來找直系同...

  • 你好，這個ndata = 1是表示什么值呀硬纤？謝謝啦

    看完這篇推送的解滓，據(jù)說都學(xué)會了分化時間計算？筝家！

    分子鐘假說 基因序列中密碼子隨著時間的推移以幾乎恒定的比例相互替換洼裤，即具有恒定的演化速率，兩個物種之間的遺傳距離將與物種的分化時間成正比溪王。我們通常采用單拷貝基因家族中的四重簡...

  • 您好腮鞍，我用conda 安裝完GetOrganelle后，運行示例文件時莹菱，出現(xiàn)get_organelle_from_reads.py腳本報錯的問題移国，麻煩您幫我看看有沒有解決方法呀？謝謝呀道伟，以下是出現(xiàn)的報錯情況：
    Traceback (most recent call last):
    File "/home/xueqin/miniconda3/envs/r423/bin/get_organelle_from_reads.py", line 4109, in main
    slim_stat_list, ignore_k = slim_spades_result(
    File "/home/xueqin/miniconda3/envs/r423/bin/get_organelle_from_reads.py", line 3263, in slim_spades_result
    if max(kmer_values) <= ignore_kmer_res:
    ValueError: max() arg is an empty sequence

    細(xì)胞器基因組（葉綠體迹缀、線粒體）組裝神器GetOrganelle介紹

    GetOrganelle是中國科學(xué)院昆明植物研究所金建軍和郁文彬兩位老師共同開發(fā)的質(zhì)體組裝軟件，論文發(fā)表在Genome Biology[https://genomebiolo...

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