kraken 是微生物組分析進行物種分類的工具扮超，目前已經(jīng)是第二代 kraken2 了奋早。kraken2 對比 kraken 重點優(yōu)化了數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建速度和數(shù)據(jù)庫大小根盒，以及分類速度驻啤。...
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kraken2 微生物物種分類 -
2022新版TCGA數(shù)據(jù)下載與整理2022年4月份TCGA進行了更新靡挥，測序數(shù)據(jù)變成了STAR-count文件坟奥。以往count文件是htseq.counts.gz格式，現(xiàn)在變成star_gene_counts....
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python將fasta文件均分
step1：將fasta均分為N個文件婴栽，每個文件序列數(shù)目相等 參考這篇文章：https://blog.csdn.net/whiteof/article/details/123...
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使用trim_galore對數(shù)據(jù)進行質(zhì)量控制-過濾寫在前面參考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]參考2[http://www.reibang.com...
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第三章 微生物組數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析簡介3.1人類微生物組數(shù)據(jù)研究的主題和統(tǒng)計假設(shè) 目前的微生物組研究主要有兩個主題：(1)描述微生物組特征與生物满粗、遺傳、臨床或?qū)嶒灄l件之間的關(guān)系愚争；(2)確定與微生物組組成相關(guān)的潛在...
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BWA比對及Samtools提取目標(biāo)序列
今天想看一下自己的序列里面會不會有某細菌基因組存在映皆，主要使用BWA和Samtools： bwa主要用于將低差異度的短序列與參考基因組進行比對。主要包含三種比對算法：backt...
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Kraken使用手冊
Introduction Kraken 是可將分類標(biāo)簽分配給DNA序列的一種序列分類器准脂，是基于k-mer精確比對劫扒，并采用最低公共祖先(lowest common ancest...
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測序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計 | reads,coverage,depth
00 寫在前面 測序后公司交付數(shù)據(jù)時沟饥，一般會提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎(chǔ)分析結(jié)果。因為可能需要自己來進行數(shù)據(jù)的預(yù)處理湾戳，記得一定要拿回raw data贤旷，同時弄清...
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Kraken2+Bracken
1. 簡介 Kraken2是一個基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類軟件，能夠快速的將測序reads進行物種分類砾脑。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
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基于R篩選過濾低豐度物種的幾種方式首先導(dǎo)入輸入文件物種某水平的分類表 百分比轉(zhuǎn)化 方式一 方式二 在微生物組數(shù)據(jù)分析中幼驶，樣品分析之前我們經(jīng)常需要對微生物組的豐度進行篩選, 過濾在任何樣本中百分比小于1%的物種...
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宏基因組標(biāo)準(zhǔn)流程--metaWRAP1. metaWRAP簡介 [MetaWRAP](https://github.com/bxlab/metaWRAP "MetaWRAP")旨在成為一個易于使用的宏基因組數(shù)據(jù)...
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Kraken2安裝與數(shù)據(jù)庫構(gòu)建2022-01-02
Kraken2是一款快速宏基因組DNA序列進行物種注釋的軟件。我將其用于測序數(shù)據(jù)以及序列的物種的物種注釋韧衣，檢查測序數(shù)據(jù)以及序列是否有污染盅藻。conda以及github網(wǎng)址：ht...
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Barrnap預(yù)測rRNA基因barrnap是BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor（基礎(chǔ)rRNA快速預(yù)測其）簡寫购桑。barrnap可以預(yù)測細菌bacteria (5S,23...
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shot-gun宏基因組：KneadData質(zhì)控，Kraken2Bracken物種分類氏淑，HUMAnN3功能注釋導(dǎo)讀 第一次做宏基因組還是在2018年勃蜘，現(xiàn)在2021很多軟件數(shù)據(jù)庫大更新，這里搭建目前比較受認可的流程假残，即用Kneaddata（trimmomatic bowtie2） kr...
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MetaPhlAn1宏基因組物種注釋導(dǎo)讀 1 MetaPhlAn獲得宏基因組物種和物種豐度2 MetaPhlAn結(jié)果合并和可視化3 GraPhlAn繪制進化樹4 LEfSe尋找分類biomarker并可視化5 ...
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感謝博主缭贡，帖子對我?guī)椭艽螅贿^想問下樓主辉懒，什么更新如何用maaslin剔除其他因素的影響的講解帖子阳惹？拭目以待
Qiime1-13.菌群組成與指標(biāo)相關(guān)性分析（自帶命令及MaAslin）
你的metadata和你的菌群之間是否有關(guān)系呢？這一定會很多人關(guān)心的問題眶俩。本節(jié)我們就來討論如何探究菌群組成和metadata中指標(biāo)之間的相關(guān)性莹汤。 metadata和菌群之間是...
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Kraken的原理淺析Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物組分析中最常用的軟件，與其他同功能的軟件相比仿便，在速度快的前提下体啰，準(zhǔn)確性也很高。那么嗽仪，Kraken究竟是如何做到的...
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16S測序分析（二）菌群多樣性分析導(dǎo)讀 多樣性分析是16S測序分析中常見的分析方法荒勇。本文旨在向初學(xué)者介紹多樣性分析中alpha多樣性和beta多樣性的由來、概念闻坚、計算沽翔，以及展示“如何用R語言實現(xiàn)alpha多樣...
