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  • immunedeconv踩坑記錄

    immunedeconv包號稱可以利用多種算法進行免疫細胞比例計算,包括quantiseq约炎、timer戚揭、cibersort蹭劈、cibersort_...

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    免疫細胞估算R包immunedeconv安裝

    immunedeconv這個R包是一個免疫細胞比例估算集大成者厌处,把常見的免疫細胞估算的算法都包括進去了侦另,包括quantiseq特纤、timer军俊、ci...

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    29個免疫特征的基因集(16種免疫細胞和13種免疫功能評分)基因列表

    TCGA風險模型類生信文章中,經(jīng)常會對高低風險組進行16種免疫細胞和13種免疫功能評分的比較捧存,就會用到一個29個免疫特征的基因集(16種免疫細胞...

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    批量檢查和安裝R包

    最近寫了個內(nèi)部用R包粪躬,里面有不少依賴包担败,一部分是CRAN的,一部分是Bioconductor上面的R包镰官,于是把這些包分類后提前,按照生信技能樹培訓班...

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    花生殼https無法映射Rstudio-server的解決方案

    之前把服務器放在家里,通過花生殼軟件進行內(nèi)網(wǎng)穿透泳唠,采用http協(xié)議進行映射狈网。后來由于一些原因,http協(xié)議不能使用了笨腥,只能使用https拓哺。這個時...

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    修改ssh中l(wèi)inux命令行配色

    ssh進行l(wèi)inux遠程登錄時,用戶名脖母、服務器名字都是一片白士鸥,也不顯示時間,如下圖: 生信技能樹賣萌哥老師提供了兩句代碼: 直接在ssh(以xs...

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    結合TCGAbiolinks批量下載TCGA臨床信息

    TCGAbiolinks包常用來TCGA的下載和各種常用分析谆级,本人在使用TCGAbiolinks下載和整理TCGA臨床信息時碰到一些麻煩础淤,具體如...

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    TCGA泛癌TMB計算

    在前面系列教程中分享了如何下載TCGA表達矩陣(2022新版TCGA數(shù)據(jù)下載與整理[http://www.reibang.com/p/9890...

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    ESTIMATE R包計算TCGA免疫評分

    文章參考生信技能樹曾老師的帖子:使用ESTIMATE計算腫瘤的免疫得分[https://zhuanlan.zhihu.com/p/1367477...

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