在使用SnapGene進行質(zhì)粒構(gòu)建陡蝇、引物設(shè)計尊残、片段擴增時候蹂喻，你是不是也遇到如下令人頭疼的問題： 序列導入SnapGene后，軟件自動識別的元件Common Features有...
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如何獲取質(zhì)粒上的特征元件 -
實驗室用過sacB pheS和codA作為負篩標簽欲逃。 啟動強度很重要鳞芙，太強了對宿主又負擔牺荠，弱了篩選效果不好骚灸。
基于pheS*負篩選標記的細菌無痕編輯
閱讀文獻可以拓寬學術(shù)視野糟趾，而深挖復刻文獻數(shù)據(jù)，有助于實驗開展的更加順利。知是行之始拉讯，行是知之成涤浇，“知行合一”鳖藕，方能游刃有余魔慷。有感于此，正式開啟本人的“文獻掘墳”之旅著恩！ 今天來...
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基于pheS*負篩選標記的細菌無痕編輯閱讀文獻可以拓寬學術(shù)視野院尔，而深挖復刻文獻數(shù)據(jù)，有助于實驗開展的更加順利喉誊。知是行之始邀摆，行是知之成，“知行合一”伍茄，方能游刃有余栋盹。有感于此，正式開啟本人的“文獻掘墳”之旅敷矫！ 今天來...
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GATK Best Practices for RNA-Seq前言 GATK是由Broad institute開發(fā)的用于變異檢測(例如: SNP, Indel等)高通量測序數(shù)據(jù). 目前GATK已經(jīng)被廣泛應用于人類以及哺乳動物從WGS (...
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測序了例获，然后呢（四）有了OrgDb才能進行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個基因?qū)裁礃拥腉O/KEGG分類曹仗，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應關(guān)系榨汤，以及基因與G...
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@是團子呀 基因組組裝水平肯定影響注釋結(jié)果，大量片段沒組裝出來或者錯誤組裝會嚴重影響注釋結(jié)果怎茫，我只做過細菌基因組組裝收壕。
「生信軟件」好用的細菌基因組組裝與注釋軟件
1. Spades[https://github.com/ablab/spades] 細菌基因組組裝最佳軟件(主觀感受)，可進行二代組裝轨蛤，三代組裝以及二代三代混合組裝蜜宪。 2...
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Shell三劍客 與 核酸序列寫在前面：我是想著給課題組師弟師妹們培訓出的一些例題。哈哈哈祥山，沒想到也難到了自己端壳，因此花上了一些時間思考著這些平時我們用python或者其他現(xiàn)有的軟件實現(xiàn)的功能，如何用三劍客...
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@是團子呀 肯定有影響
「生信軟件」好用的細菌基因組組裝與注釋軟件
1. Spades[https://github.com/ablab/spades] 細菌基因組組裝最佳軟件(主觀感受)枪蘑，可進行二代組裝损谦，三代組裝以及二代三代混合組裝。 2...
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2022-02-01新年愿景
2022年，將是我博士的收官之年將投稿的論文盡快發(fā)表出來，達到博士畢業(yè)的硬性條件悲立。同步地鹿寨，近期將測序文章修改完畢再投出去，做一個保底的準備薪夕。年后將近期做的另外兩個miRNA功...
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電泳條帶灰度定量分析及圖形展示本文主要是解決sgRNA體外切割活性效率的評估及圖形化展示脚草。 軟件： Gel-Pro Analyzer ImageJ 一、Gel-Pro Analyzer分析 啟動Gel-P...
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RNAi干擾真的能適用所有基因嗎原献？苦苦研究了那么久沒有效果馏慨，別人卻能做出似是而非的效果，而且還發(fā)表出來了姑隅。真是妙哉妙哉写隶！ 卵巢效果這么好，統(tǒng)計的表面積都顯著降低讲仰。 但是慕趴，產(chǎn)卵統(tǒng)計竟然沒有差異，這么矛盾的實驗結(jié)...
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Endnote修改符合雜志要求的參考文獻格式Author: Junfei XieDate: 2021-08-18 本文是我在撰寫文章手稿時候鄙陡，自學或摘錄的Endnote零碎知識點冕房，雖然網(wǎng)上關(guān)于Endnote的指南文章甚...
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磁珠法核酸純化的半自動化實踐本文是基于筆者核酸純化經(jīng)驗和對自動化的理解，整理并優(yōu)化的核酸純化Protocol柔吼，配以真空吸液系統(tǒng)毒费，可以實現(xiàn)高效率的核酸純化操作，是相對較為簡單愈魏、高效觅玻、經(jīng)濟的核酸純化方案。姑...
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2021-10-09 miRNA 熒光原位雜交技術(shù)（FISH）
Author: Junfei XieDate: 09-10-2021 組織解剖及預處理： 實蠅冰上麻醉培漏，放入75%酒精中消毒3分鐘溪厘，然后轉(zhuǎn)入PBS清洗； 清洗干凈的果蠅放入盛...
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一步步教你NCBI_SRA上傳測序數(shù)據(jù)測序文章在審稿期間牌柄，審稿人往往需要作者上傳原始數(shù)據(jù)至NCBI畸悬。而搜索引擎搜到的參考資料甚少，不得不邊摸索邊總結(jié)珊佣，幾番倒騰終于上傳成功蹋宦。今天小編把經(jīng)驗用圖文展示，手把手教你咒锻，一...
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了塵蘭若的小坑上線啦
個人博客維護了有幾年了冷冗，終于買了自己的域名，www.liaochenlanruo.fun惑艇。 Fun代表有趣蒿辙，就是玩拇泛！ 邊玩邊學，對思灌，博客主要是生信文俺叭，微生物基因組，比較基因組...
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2021-10-07 ggplot2進行圖形化操作之縮放1. 控制圖形范圍 控制圖形范圍的方法有3種： 調(diào)整繪圖所用數(shù)據(jù)泰偿； 設(shè)置標度范圍熄守； 在coord_cartesian()函數(shù)種設(shè)置xlim 和ylim參數(shù)值。 用mpg數(shù)據(jù)演...
