是的镰禾，你需要詳細看一下你的數(shù)據(jù)
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Hisat2比對Hisat2與STAR一樣徒河，是一款比對軟件供填。它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) index 兩種算法的索引框架只泼。Hiasat2采用了新的比對策略...
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關(guān)注公眾號“中科博林生物研究院”贺氓，學(xué)習(xí)更多生物信息知識
Olink蛋白質(zhì)組—初見
生物質(zhì)譜法是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中最常用的方法，作為蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的扛把子载绿，它具有高分辨率粥诫、高靈敏度、高準(zhǔn)確度崭庸、鑒定蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點等優(yōu)點怀浆。但對于低豐度蛋白的檢測谊囚，質(zhì)譜法仍具...
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Olink蛋白質(zhì)組—初見
生物質(zhì)譜法是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中最常用的方法执赡，作為蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的扛把子镰踏，它具有高分辨率、高靈敏度沙合、高準(zhǔn)確度奠伪、鑒定蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點等優(yōu)點。但對于低豐度蛋白的檢測首懈，質(zhì)譜法仍具...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—fastp v0.23.1
用于執(zhí)行FASTQ數(shù)據(jù) 的質(zhì)量控制，支持單端和雙端短讀數(shù)據(jù)究履，作為一體化的 FASTQ預(yù)處理器滤否，fastp提供了 諸如質(zhì)量分析，接頭修整最仑，讀 取過濾和基本校正等功能藐俺。 在處理完...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—HTseq定量
HTSeq作為一款可以處理高通量數(shù)據(jù)的python包泥彤，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人攜手推出HTSeq —...
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關(guān)注公眾號“中科博林生物研究院”欲芹，學(xué)習(xí)更多生物信息知識
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Salmon定量
salmon是一款不基于比對而直接對基因進行定量的工具，適用于轉(zhuǎn)錄組全景、宏基因組等分析耀石。其優(yōu)勢是： 定量時考慮到不同樣品中基因長度的改變（比如不同isoform的使用） 速度快...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—clusterProfiler富集分析
差異分析之后爸黄，為了了解我們獲取的差異基因的功能及參與的生物學(xué)進程滞伟，我們需要對差異基因進行功能富集分析】还螅基因富集分析（gene set enrichment analysis）...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
在得到我們感興趣的基因集后，除了對其進行GO等富集分析查看與什么重要的生物學(xué)通路相關(guān)称开，還可以進行PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（PPI, Protein-Protein Interact...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Count轉(zhuǎn)換為FPKM或TPM
Count：高通量測序中比對到exon上的reads數(shù)”詈洌可以使用featureCounts清酥、HTseq-count等軟件進行計算 FPKM：全稱為Fragments Per ...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—clusterProfiler富集分析
差異分析之后蕴侣，為了了解我們獲取的差異基因的功能及參與的生物學(xué)進程焰轻，我們需要對差異基因進行功能富集分析±ト福基因富集分析（gene set enrichment analysis）...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—DEseq2差異分析
轉(zhuǎn)錄組測序的目的之一蝠筑，就是探索組間顯著表達變化的基因——差異表達基因。那么揩懒，如何基于轉(zhuǎn)錄組測序獲得的定量表達值什乙，識別差異表達變化的基因或其它非編碼RNA分子呢？DESeq2是...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
在得到我們感興趣的基因集后臣镣，除了對其進行GO等富集分析查看與什么重要的生物學(xué)通路相關(guān)，還可以進行PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（PPI, Protein-Protein Interact...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Salmon定量
salmon是一款不基于比對而直接對基因進行定量的工具退疫，適用于轉(zhuǎn)錄組、宏基因組等分析鸽素。其優(yōu)勢是： 定量時考慮到不同樣品中基因長度的改變（比如不同isoform的使用） 速度快...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—HTseq定量
HTSeq作為一款可以處理高通量數(shù)據(jù)的python包亦鳞，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人攜手推出HTSeq —...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—DEseq2差異分析
轉(zhuǎn)錄組測序的目的之一，就是探索組間顯著表達變化的基因——差異表達基因燕差。那么遭笋，如何基于轉(zhuǎn)錄組測序獲得的定量表達值，識別差異表達變化的基因或其它非編碼RNA分子呢徒探？DESeq2是...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—clusterProfiler富集分析
差異分析之后，為了了解我們獲取的差異基因的功能及參與的生物學(xué)進程测暗，我們需要對差異基因進行功能富集分析央串。基因富集分析（gene set enrichment analysis）...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—STAR比對
最近使用了另一個很火的比對軟件：STAR质和。STAR在比對速度上勝過其他比對器50多倍，在一個普通的12核服務(wù)器上稚字，每小時比對5.5億2 x 76 bp雙端片段到人類基因組上饲宿，...
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如何鑒定數(shù)據(jù)的建庫方式（鏈特異性或非鏈特異性）
來自SRA的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)胆描，很多文章方法描述簡單瘫想，無法判斷是否為鏈特異性數(shù)據(jù)，導(dǎo)致在mapping和raw reads count時參數(shù)不知如何選擇昌讲。所以在數(shù)據(jù)處理前明確其建庫方...
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RNA-Seq數(shù)據(jù)分析—cutadapt質(zhì)量控制
可對fastq數(shù)據(jù)進行質(zhì)量控制的軟件有很多，今天我們先學(xué)習(xí)cutadapt剧蚣。 安裝 官方幫助文檔 常用參數(shù) 我處理的數(shù)據(jù) 我的數(shù)據(jù)（GSE176393）是應(yīng)用Illumina...