@微信用戶_688a 不會(huì)，我就是设易，很慢
單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記6: 轉(zhuǎn)錄因子分析（SCENIC）轉(zhuǎn)錄因子(transcription factors, TFs)是指能夠識(shí)別、結(jié)合在某基因上游特異核苷酸序列上的蛋白質(zhì)蛹头。其通過(guò)介導(dǎo)RNA聚合酶與DNA模板的結(jié)合顿肺，從而調(diào)控下游...
SMR（Summary data-based Mendelian Randomization）是一個(gè)針對(duì)匯總數(shù)據(jù)的孟德?tīng)栯S機(jī)化方法戏溺，可以基于GWAS匯總數(shù)據(jù)進(jìn)行因果推斷 1....
人類參考基因組（如 GRCh37 和 GRCh38）由國(guó)際基因組學(xué)研究社區(qū)定期更新，以改進(jìn)基因組的完整性和準(zhǔn)確性屠尊。每次更新可能會(huì)導(dǎo)致以下變化：? 基因組序列的調(diào)整：添加或修訂...
不好意思旷祸，當(dāng)時(shí)是為了學(xué)一下這個(gè)包，沒(méi)注意讼昆，后來(lái)也發(fā)現(xiàn)了托享。負(fù)值，感覺(jué)是由于擬合問(wèn)題或者表達(dá)數(shù)據(jù)的噪聲引起的浸赫，建議還是將其轉(zhuǎn)換為 NA闰围，或直接過(guò)濾掉不，不合理
生信數(shù)據(jù)庫(kù)4: GDSC（癌癥藥物敏感性基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)）GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)數(shù)據(jù)庫(kù)由英國(guó)桑格研究院開(kāi)發(fā)既峡，收集腫瘤細(xì)胞對(duì)藥物的敏感度和反應(yīng)羡榴。是目前腫瘤細(xì)胞藥物敏感性...
1. 什么是連鎖不平衡（LD）？ 連鎖不平衡（Linkage Disequilibrium运敢，LD）是指在基因組中校仑，兩個(gè)或多個(gè)SNP（單核苷酸多態(tài)性）位點(diǎn)在一個(gè)群體中的等位基因...
@華小康 沒(méi)有要求，已經(jīng)通過(guò)github了传惠，不行可以直接手動(dòng)安裝：https://github.com/im3sanger/dndscv/archive/refs/tags/0.1.0.tar.gz
全外顯子組測(cè)序（WES）分析4-1: 識(shí)別驅(qū)動(dòng)基因（dNdScv ）1. dNdScv R包是一組最大似然 dN/dS 方法迄沫，旨在量化癌癥和體細(xì)胞進(jìn)化中的選擇。該包包含量化錯(cuò)義卦方、無(wú)義和必需剪接突變的 dN/dS 比率的函數(shù)羊瘩，可在單個(gè)基因、基因...
0. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備（加載自己需要轉(zhuǎn)換的數(shù)據(jù)） 1. 使用其他R包"AnnotationDbi"和"org.Hs.eg.db" ? 發(fā)現(xiàn)存在一個(gè)ENSG（Ensembl基因ID）可...
@9ed026cdd010 自己的數(shù)據(jù)愿汰，沒(méi)有的話困后，可以GEO下載自己感興趣的數(shù)據(jù)集
單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記2-2: 細(xì)胞通訊分析（CellChat）3. CellChat CellChat，用于根據(jù)單細(xì)胞數(shù)據(jù)對(duì)細(xì)胞間通信進(jìn)行推理衬廷、分析和可視化摇予。包含文獻(xiàn)支持的多個(gè)物種中的配體-受體相互作用，從而全面概括已知的分子相互作用機(jī)...
轉(zhuǎn)錄因子(transcription factors, TFs)是指能夠識(shí)別吗跋、結(jié)合在某基因上游特異核苷酸序列上的蛋白質(zhì)侧戴。其通過(guò)介導(dǎo)RNA聚合酶與DNA模板的結(jié)合，從而調(diào)控下游...
h5ad 是用于存儲(chǔ)單細(xì)胞 RNA 測(cè)序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)的文件格式跌宛，常用于 Python 中的 Scanpy 軟件包酗宋。它基于 HDF5 文件格式，支持大規(guī)模數(shù)據(jù)的高...
@Jo_46fe 他提醒你了蜕猫，你的數(shù)據(jù)格式是字符串，不是數(shù)字型哎迄，改一下就行
R語(yǔ)言分析2-2：免疫浸潤(rùn)分析（ssGSEA）ssGSEA是一種常用于免疫細(xì)胞浸潤(rùn)分析的方法回右。該方法通過(guò)將每個(gè)樣本的基因表達(dá)數(shù)據(jù)與特定的基因集（免疫細(xì)胞基因集）進(jìn)行比較隆圆，來(lái)估計(jì)該基因集在該樣本中的相對(duì)富集程度。 2. 使...
1. dNdScv R包是一組最大似然 dN/dS 方法翔烁，旨在量化癌癥和體細(xì)胞進(jìn)化中的選擇渺氧。該包包含量化錯(cuò)義、無(wú)義和必需剪接突變的 dN/dS 比率的函數(shù)蹬屹，可在單個(gè)基因侣背、基因...
擬時(shí)序（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析慨默，根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況通過(guò)擬時(shí)分析可以來(lái)推斷發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡...
@只是經(jīng)過(guò) 哪里贩耐？也可以后續(xù)Ai直接刪除
R語(yǔ)言可視化10: 韋恩圖/upset圖 - VennDiagram/ggVennDiagram/upsetR/ComplexUpset/VennDetail1. 使用包繪制韋恩圖 1.1 兩個(gè)數(shù)據(jù)集 1.2 多個(gè)數(shù)據(jù)集（此處以5個(gè)為示例） 1.3 交集元素的提取 ★ 5個(gè)數(shù)據(jù)集是VennDiagram包的上限 2. 使用包繪制韋...
1. 使用注釋 VCF 文件 1.1 下載和安裝 SnpEff 1.2 下載參考基因組數(shù)據(jù)庫(kù) 手動(dòng)下載（選擇符合自己需要的物種及版本）：https://sourceforge...
@摩卡mocha 哦哦，謝謝业筏，我原來(lái)也發(fā)現(xiàn)了（有的地方改了憔杨，有的地方可能還是漏了），我寫(xiě)的i蒜胖，但簡(jiǎn)書(shū)有時(shí)候會(huì)自動(dòng)幫我改成“I”
生信數(shù)據(jù)庫(kù)4: GDSC（癌癥藥物敏感性基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)）GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)數(shù)據(jù)庫(kù)由英國(guó)桑格研究院開(kāi)發(fā)消别，收集腫瘤細(xì)胞對(duì)藥物的敏感度和反應(yīng)。是目前腫瘤細(xì)胞藥物敏感性...
@摩卡mocha 沒(méi)看懂台谢，my_comparisons = list() 本來(lái)就是創(chuàng)建一個(gè)空列表寻狂，是'comp'是個(gè)空的？我有自己先預(yù)先分個(gè)組（age一列)
生信數(shù)據(jù)庫(kù)4: GDSC（癌癥藥物敏感性基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)）GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)數(shù)據(jù)庫(kù)由英國(guó)桑格研究院開(kāi)發(fā)朋沮，收集腫瘤細(xì)胞對(duì)藥物的敏感度和反應(yīng)蛇券。是目前腫瘤細(xì)胞藥物敏感性...
@嚕啦嚕啦嘞_a7f5 哪一步？
生信數(shù)據(jù)庫(kù)4: GDSC（癌癥藥物敏感性基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)）GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)數(shù)據(jù)庫(kù)由英國(guó)桑格研究院開(kāi)發(fā)樊拓，收集腫瘤細(xì)胞對(duì)藥物的敏感度和反應(yīng)纠亚。是目前腫瘤細(xì)胞藥物敏感性...
@嚕啦嚕啦嘞_a7f5 是上一步calcPhenotype()的結(jié)果文件，會(huì)自動(dòng)保存到當(dāng)前工作目錄下的calcPhenotype_Output文件夾中
生信數(shù)據(jù)庫(kù)4: GDSC（癌癥藥物敏感性基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)）GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)數(shù)據(jù)庫(kù)由英國(guó)桑格研究院開(kāi)發(fā)筋夏，收集腫瘤細(xì)胞對(duì)藥物的敏感度和反應(yīng)蒂胞。是目前腫瘤細(xì)胞藥物敏感性...
