原作者： Claus O. Wilke翻譯：王詩翔 2018-07-15 cowplot是ggplot2包的一個簡單插件疙描，它的目的是為ggplot2提供一個出版級別的主題起胰，使...
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【r<-ggplot2】cowplot介紹 -
如何根據(jù)染色體坐標(biāo)批量提取對應(yīng)的DNA序列（bedtools）
這一篇小筆記是在我處理自己的數(shù)據(jù)的時候遇到的問題畏妖，經(jīng)過查閱資料解決了戒劫，故記錄下來迅细。 比如現(xiàn)在：你需查找一段序列，比如說小鼠的chr10:105280000-105280550...
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全解TOmicsVis完美應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄組可視化R包1. TOmicsVis R包簡介 TOmicsVis v1.2.2Title: Transcriptomics VisualizationWebsite:https://b...
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差異表達(dá)分析——DEseq2差異基因篩選的常見方法有edgeR, DEseq2, EBseq等帆疟，這篇文章主要介紹DEseq2踪宠。 官方網(wǎng)站：https://bioconductor.org/package...
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GSEA富集分析+R分析+多類美化工具相關(guān)原理詳細(xì)介紹生信技能樹詳解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
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非約束排序2 主成分分析（PCA）第五章第五章 非約束排序2 主成分分析（PCA） 今天我們來學(xué)習(xí)一下賴江山老師的《數(shù)量生態(tài)學(xué)：R語言的應(yīng)用 第二版》第五章的正式內(nèi)容了行施，今天主要講的是主成分分析蛾号，也叫主分量分析鲜结，內(nèi)...
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看完這篇推送的精刷，據(jù)說都學(xué)會了分化時間計算？怒允！分子鐘假說 基因序列中密碼子隨著時間的推移以幾乎恒定的比例相互替換纫事，即具有恒定的演化速率迷殿，兩個物種之間的遺傳距離將與物種的分化時間成正比庆寺。我們通常采用單拷貝基因家族中的四重簡...
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【比較基因組】從進(jìn)化樹到分化時間雖然不是學(xué)生物或者醫(yī)學(xué)的，但是聽了很多生命科學(xué)的報告踊挠。關(guān)于生命的起源效床、進(jìn)化——從個體到宇宙，生命是如何從無到有憋沿，又如何實現(xiàn)了現(xiàn)在的千姿百態(tài)——是生命科學(xué)數(shù)百年來一直在研究的問...
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KaKs_Calculator2.0+ParaAT計算兩個物種間的Ka/Ks
1.軟件安裝 ?KaKs_Calculator2.0?ParaATKaKs_Calculator2.0[https://sourceforge.net/projects/ka...
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根據(jù)基因組以及gff3文件提取4dtv位點
現(xiàn)在很多文章都關(guān)注4dtv位點翩活，小編接下來分享下根據(jù)基因組以及gff3提取所有基因的4dtv位點的perl腳本： 運行程序： 注：該腳本小編不知道來源幾何，雖在此分享菠镇，若有侵...
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「群體遺傳學(xué)實戰(zhàn)」第一課: 對SNP位點進(jìn)行注釋我們用于實戰(zhàn)的數(shù)據(jù)集來自于2019年發(fā)表于NG的西瓜文章蚌本，它提供了GATK過濾后的SNP數(shù)據(jù)集用于分析隘梨，并且附錄提供了完整的樣本信息。該SNP數(shù)據(jù)集包括414個西瓜嵌莉，2000...
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「群體遺傳學(xué)實戰(zhàn)」第二課: 畫出和文章幾乎一樣的PCA圖主成分分析(PCA)是一種線性降維方法矛渴，能從紛繁復(fù)雜的數(shù)據(jù)中抽離出關(guān)鍵因素，用來區(qū)分不同的樣本具温。這里我們不談PCA背后的數(shù)學(xué)原理蚕涤，只談哪些軟件能夠處理數(shù)據(jù)，我找到了以下三款 ...
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我的生信自學(xué)心得分享
這是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 從2016年剂习，我開始自學(xué)生物信息较沪，那個時候失仁，為了加深自己學(xué)習(xí)，所以就不間斷的在網(wǎng)上分享我的學(xué)習(xí)筆記控轿。 我有一個自己的博客拂封，xu...
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在腳本里面調(diào)用conda創(chuàng)建的環(huán)境
事情源于刚梭，我在寫腳本的時候朴读，在腳本里面插入了一句 conda activate 環(huán)境名, 然后出現(xiàn)如下的報錯提示 conda認(rèn)為我沒有初始化環(huán)境衅金，我腳本是在bash環(huán)境下運行...
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新手的R包安裝指南：一條命令就可以把任何來源的R包安裝上啦
太長不看版 只需要使用BiocManager::install()就可以把CRAN、bioconductor啦吧、GitHub來源的包都安裝上了您觉。 R包安裝的天下三分 安裝R包是...
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「摸魚快報010」一個基于低覆蓋度的全基因組測序的群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)分析教程摸魚快報是一檔致力于輕量化地收集優(yōu)質(zhì)生物信息學(xué)及相關(guān)領(lǐng)域資料帶給大家的小欄目, 力求廢話不多, 干貨為王. 項目地址:https://github.com/nt246/lcw...
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enrichplot||基因富集結(jié)果可視化解決方案enrichplot包實現(xiàn)了幾種可視化方法來幫助解釋富集結(jié)果。它支持從DOSE (Yu et al. 2015)和橙、clusterProfiler (Yu et al. 201...
個人介紹
惜霜蟾照夜云天。
朦朧影拴曲、畫勾闌。
人情縱似長情月澈灼，算一年年。
又能得叁熔、幾番圓。
欲寄西江題葉字荣回，流不到、五亭前戈咳。
東池始有荷新綠心软，尚小如錢著蛙。
問何日藕、幾時蓮踏堡。
朦朧影拴曲、畫勾闌。
人情縱似長情月澈灼，算一年年。
又能得叁熔、幾番圓。
欲寄西江題葉字荣回，流不到、五亭前戈咳。
東池始有荷新綠心软，尚小如錢著蛙。
問何日藕、幾時蓮踏堡。