發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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R 針對(duì)KEGG ORTHOLOGY的Lefse分析在拿到PICRUST2預(yù)測(cè)的KO豐度表格后悦即，我們其實(shí)接下來(lái)也可以像完成優(yōu)勢(shì)物種進(jìn)化分支圖一樣來(lái)針對(duì)KO的Lefse分析首先接上篇吮铭，獲取KEGG ...
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R 下載和整理KEGG ORTHOLOGY文件登錄KO (KEGG ORTHOLOGY) Database[https://www.kegg.jp/kegg/ko.html]，進(jìn)入下圖頁(yè)面：...
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R 常用微生物距離函數(shù)記錄
總結(jié)：第1坠狡、6、7距離算法較多袁勺，但是1計(jì)算距離前無(wú)法對(duì)原始OTU進(jìn)行hellinger轉(zhuǎn)換垫竞，相反6和7均可以，但是7操作步驟稍顯復(fù)雜应闯，使用6更快...
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利用MicrobiotaProcess完成LEFse分析（近似）對(duì)于Lefse來(lái)說(shuō)纤控，首先測(cè)試所有特征在不同類(lèi)中的值是否存在差異分布。其次碉纺，對(duì)顯著不同的特征進(jìn)行事后檢驗(yàn)船万，不同類(lèi)中子類(lèi)之間的所有兩兩比較應(yīng)都明顯符...
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R語(yǔ)言 RDA分析（去冗余物種）也做了挺多次RDA分析，自己現(xiàn)在小結(jié)一下RDA分析流程： 就我個(gè)人而言骨田，虛線前面都是不太經(jīng)歷的步驟耿导，我一般不會(huì)主動(dòng)刪去樣品的環(huán)境信息，因?yàn)槲医佑|...
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生物節(jié)律之衰減晝夜節(jié)律計(jì)算：circacompare使用篇（6）最近在進(jìn)行l(wèi)umicycle實(shí)驗(yàn)态贤，接觸到了細(xì)胞上面的衰減的晝夜節(jié)律舱呻。關(guān)于這一點(diǎn)，和動(dòng)物造模有所不同悠汽，在細(xì)胞上面箱吕，由于細(xì)胞過(guò)于密集+培養(yǎng)時(shí)長(zhǎng)延長(zhǎng)+...
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Tax4Fun2 16s擴(kuò)增子群落功能預(yù)測(cè) 使用小結(jié)
Tax4Fun2是一個(gè)基于16S rRNA數(shù)據(jù)集預(yù)測(cè)微生物群落功能的R包，是Tax4Fun的升級(jí)版本柿冲。其發(fā)布在Github項(xiàng)目bwemheu /...
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IQ-tree2構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)使用小結(jié)
IQ-TREE是一款用于系統(tǒng)發(fā)育推斷的高效軟件（Efficient software for phylogenomic inference）殖氏，其...
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R 缺失值處理處理方法：常規(guī)方法 由mape（Mean absolute percentage error，平均絕對(duì)百分比誤差）可知姻采，以上的效果都不咋的雅采，隨機(jī)...