發(fā)簡信
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irGSEA基因集評分-繪圖-代碼irGSEA：基于秩次的單細(xì)胞基因集富集分析整合框架（修訂版） - 簡書 (jianshu.com)[https://www.jianshu.c...
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數(shù)據(jù)處理tips
轉(zhuǎn)置數(shù)據(jù)框并將行名變?yōu)榱忻妫忻優(yōu)樾忻?dplyr包提取數(shù)據(jù)的tips 提取幾個文件中都腹肌到的通路信息 提取所有通路富集到的基因名稱，并按照...
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suerat對象中選取特定的細(xì)胞群（某一打分大于多少江咳，或者前多少的細(xì)胞群）
提取score列中大于0.6的細(xì)胞群 要提取score列中值大于0.6的細(xì)胞群胖齐，你可以直接在Seurat對象的元數(shù)據(jù)（meta.data）中進(jìn)行...
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prefetch批量下載SRR文件
數(shù)據(jù)庫下載SRR文件 把當(dāng)前文件夾的下一級子文件夾中的sra文件移動到當(dāng)前文件夾來 這條命令的解釋如下： find .：從當(dāng)前目錄開始查找。-m...
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去除NA值所在行
去除第一列NA值所在行 去除所有列NA值的行 去除指定幾列的NA值所在行
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ggvenn繪制ven圖輸入數(shù)據(jù)venn1.csv如下圖，通常為不同組別相比的DEGs 轉(zhuǎn)化后的文件格式為下圖所示 然后畫ven圖
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DESeq2分析預(yù)處理
一、在R中去除低表達(dá)基因的一個常用方法是設(shè)定一個閾值吠式，比如舅世，一個基因在一定數(shù)量的樣本中至少需要達(dá)到某個計數(shù)值。以下是一個示例R代碼奇徒，展示如何去除...
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RNA-seq workflow (1)
Quarlity control step Trimming for adaptors (Not required) Alignment ste...