irGSEA：基于秩次的單細(xì)胞基因集富集分析整合框架（修訂版） - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/66c3653526...
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irGSEA基因集評(píng)分-繪圖-代碼 -
單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開(kāi)的人工校正的乖酬，儲(chǔ)存受體磷醋、配體以及兩種相互作用...
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Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)（更新版）更多重要函數(shù)見(jiàn)：Seurat重要命令匯總[http://www.reibang.com/p/104f9290af8b] Seurat繪圖函數(shù)總結(jié) 在使用R語(yǔ)言進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)...
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數(shù)據(jù)處理tips
轉(zhuǎn)置數(shù)據(jù)框并將行名變?yōu)榱忻类郑忻優(yōu)樾忻?dplyr包提取數(shù)據(jù)的tips 提取幾個(gè)文件中都腹肌到的通路信息 提取所有通路富集到的基因名稱(chēng)胞谭，并按照通路名為列名坞淮，內(nèi)容為基因名当纱，生...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計(jì)算方法，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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Seurat for single-cell sequencingData import and integration Data analysis 1. Load R packages and count_matrix. For csv ...
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單細(xì)胞測(cè)序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程恤溶、高級(jí)分析、文章復(fù)現(xiàn)
時(shí)代的洪流奔涌而至帜羊，單細(xì)胞技術(shù)也從舊時(shí)王謝堂前燕咒程，飛入尋常百姓家。雪崩的時(shí)候讼育，沒(méi)有一片雪花是無(wú)辜的帐姻，你我也從素不相識(shí)，到被一起卷入單細(xì)胞天地奶段。R語(yǔ)言和Seurat已以勢(shì)如破竹...
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NCBI批量下載SRA文件并用SRA Toolkit提取Fastq文件準(zhǔn)備工作：先下載安裝IDM（百度：internet download manager饥瓷，收費(fèi)軟件，有綠色漢化版）痹籍，IDM支持?jǐn)帱c(diǎn)續(xù)傳和多線(xiàn)程呢铆，并且可以自建下載隊(duì)列批量下載，非常...
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快速下載SRA文件及fastq-dump的小陷阱
基于prefetch, 2023.10.17測(cè)試可用在conda環(huán)境進(jìn)行SRA文件快速下載 1.安裝sra-tools: 2. 下載Accession List prefet...
