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軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...

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簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，這是一種新穎的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析方法弧蝇。利用批量（bulk）表型從單細(xì)胞測序(scRNA-se...

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前言 當(dāng)我們獲得一堆“感興趣”/“有意義”的SNPs之后碳褒， 怎樣知道這些SNPs所在的基因呢？ 不要告訴我一個(gè)一個(gè)在pubmed查就好～ 我們需要知道Plink哪個(gè)參數(shù)可以幫...

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歸納幾篇eQTL相關(guān)文章看疗。 1.轉(zhuǎn)自https://www.cnblogs.com/Acceptyly/p/3904108.html 首先QTL是數(shù)量性狀位點(diǎn)沙峻，比如身高是一個(gè)...

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1. 孟德爾隨機(jī)化方法 傳統(tǒng)觀察性流行病學(xué)研究在發(fā)現(xiàn)疾病病因以及因果推斷中存在諸多挑戰(zhàn)，比如反向因果關(guān)聯(lián)两芳、潛在混雜因素摔寨、微效暴露因素以及多重檢驗(yàn)等，當(dāng)研究者訴諸于隨機(jī)對照試驗(yàn)...

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又開始一個(gè)新的軟件啦，大家是否有需要的竖螃？可以同一人群的不同trait做淑廊。咱們就開始吧~官網(wǎng)地址：URLs. MTAG software is available at htt...

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引言 GWAS與eQTL都是用于研究基因位點(diǎn)與表型之間關(guān)系的手段，彼此之間存在很多的區(qū)別與聯(lián)系特咆。 GWAS 全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome Wide Association ...

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本文轉(zhuǎn)載于百邁克云(https://www.sohu.com/a/234594093_761120) 在群體遺傳學(xué)研究中季惩，LD連鎖不平衡分析是最常見的分析內(nèi)容，也是關(guān)聯(lián)分析的...

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1 簡介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合菜职，它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件青抛。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式酬核，并能自動(dòng)檢測輸入的格...

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前言 重要的嘶居，還是要知道自己在做什么！ 為什么要合并數(shù)據(jù)促煮？ 是為了個(gè)性化的GWAS分析邮屁。plink的指令，只識(shí)別“一個(gè)”名字的文件（如下圖的MY_DATA）菠齿。 聰明的你佑吝，應(yīng)該...

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全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）實(shí)操 數(shù)據(jù)及代碼來源：GWAS_in_R[https://github.com/whussain2/R-for-Plant-Breeding/tr...

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前言 認(rèn)識(shí)文件名脚乡，這玩意太重要了蜒滩！行外人看不懂啊Ｃ拷选０锏簟！Ｖ系洹ｓ〈丁！ 高逼格的東西自己閱讀參考文件了瀑志，我只上最粗暴的涩搓！～ 尼馬的污秆，給我記好了，不然在GWAS分析的路上活不下的Ｃ粮省Ａ计础！ ...