生信小白一枚购裙，我不是牛人，我只是一頭開荒牛奋献，希望大家能在我的學習基礎上更進一步，共同提高！
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單細胞之軌跡分析-5：slingshot軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 單細胞之軌跡分析-2：mono...
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R Package Scissor 學習筆記簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)弱贼，這是一種新穎的單細胞數(shù)據(jù)分析方法蒸苇。利用批量（bulk）表型從單細胞測序(scRNA-se...
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GWAS分析-說人話（15）- 如何查看SNP所在的基因前言 當我們獲得一堆“感興趣”/“有意義”的SNPs之后， 怎樣知道這些SNPs所在的基因呢吮旅？ 不要告訴我一個一個在pubmed查就好～ 我們需要知道Plink哪個參數(shù)可以幫...
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孟德爾隨機化推斷暴露因素與健康結(jié)局的因果關系1. 孟德爾隨機化方法 傳統(tǒng)觀察性流行病學研究在發(fā)現(xiàn)疾病病因以及因果推斷中存在諸多挑戰(zhàn)庇勃，比如反向因果關聯(lián)檬嘀、潛在混雜因素、微效暴露因素以及多重檢驗等责嚷，當研究者訴諸于隨機對照試驗...
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MTAG(multi-trait analysis of GWAS)又開始一個新的軟件啦罕拂，大家是否有需要的揍异？可以同一人群的不同trait做。咱們就開始吧~官網(wǎng)地址：URLs. MTAG software is available at htt...
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生信筆記5-GWAS與eQTL引言 GWAS與eQTL都是用于研究基因位點與表型之間關系的手段爆班，彼此之間存在很多的區(qū)別與聯(lián)系衷掷。 GWAS 全基因組關聯(lián)分析（Genome Wide Association ...
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群體遺傳分析—LD連鎖不平衡本文轉(zhuǎn)載于百邁克云(https://www.sohu.com/a/234594093_761120) 在群體遺傳學研究中喧兄，LD連鎖不平衡分析是最常見的分析內(nèi)容浩姥，也是關聯(lián)分析的...
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WGS全基因組分析||VCFTOOLS使用
寫在前面：當學習某一重要文件格式時，更需要對此格式對應軟件工具進行全面的學習（如sam/bam——samtools）衍菱。在多次花時間寫腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)枢舶，80%左右的任務其實...
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最全bcftools使用說明--只看本文就夠了1 簡介 BCFtools 是一款多種實用工具的集合懦胞，它可以用于處理VCF文件和二進制的BCF文件。它可以接受VCF格式祟辟、壓縮的VCF格式以及BCF格式医瘫，并能自動檢測輸入的格...
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conda 從入門到精通
conda是最常用的軟件安裝工具之一。conda能夠解決程序依賴問題旧困，可以快速的安裝各種軟件醇份，把我們從安裝軟件的大坑中解放出來稼锅。 1. 查看conda的環(huán)境配置 conda有...
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生物信息說人話系列-GWAS分析
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GWAS分析-說人話（8）合并數(shù)據(jù)前言 重要的矩距，還是要知道自己在做什么！ 為什么要合并數(shù)據(jù)怖竭？ 是為了個性化的GWAS分析锥债。plink的指令，只識別“一個”名字的文件（如下圖的MY_DATA）痊臭。 聰明的你哮肚，應該...
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全基因組關聯(lián)分析（GWAS）實操全基因組關聯(lián)分析（GWAS）實操 數(shù)據(jù)及代碼來源：GWAS_in_R[https://github.com/whussain2/R-for-Plant-Breeding/tr...
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GWAS分析-說人話（4）打開文件
前言 這是寫給小白的，大神請直接路過（點贊就好了～） 獲得文件后怎樣打開广匙，偷窺一下內(nèi)容允趟？ 不！要鸦致！告潮剪！訴！我分唾！雙擊抗碰！文件！Ｕ狼恰；∮！Ｆ础：慈馈！ 我現(xiàn)在有這樣的一個文件：sclschr...
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GWAS分析-說人話（2）認識文件名前言 認識文件名鞍爱，這玩意太重要了！行外人看不懂白ㄐ铩６锰印！５豢稀３撂睢！佑笋！ 高逼格的東西自己閱讀參考文件了翼闹，我只上最粗暴的！～ 尼馬的蒋纬，給我記好了猎荠，不然在GWAS分析的路上活不下的＜崛酢！关摇！ ...
