擬時(shí)（pseudotime）分析惯退，又稱(chēng)細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過(guò)程从藤，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程 -
周運(yùn)來(lái)呛哟，男叠荠，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥匿沛，穩(wěn)健扫责，瀟灑，大方逃呼，靠譜鳖孤。一段生信緣者娱，一棵技能樹(shù)。生信技能樹(shù)核心成員苏揣，單細(xì)胞天地供稿人黄鳍，簡(jiǎn)書(shū)創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家平匈。
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無(wú)痛解決基因全稱(chēng)與縮寫(xiě)的轉(zhuǎn)換
“山窮水盡疑無(wú)路框沟，柳暗花明又一村” 某天，想收集一類(lèi)藥物的作用靶點(diǎn)增炭，上了Drugbank獲取了全部數(shù)據(jù)忍燥，加載到R中，解析出來(lái)后蒙圈了隙姿，它居然一個(gè)基因靶點(diǎn)對(duì)應(yīng)了多個(gè)名稱(chēng)梅垄。這就很...
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在校醫(yī)學(xué)生～
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R語(yǔ)言GEO數(shù)據(jù)挖掘：步驟四：富集分析KEGG,GO
1.讀取第三部存儲(chǔ)數(shù)據(jù)（基因差異表達(dá)情況） 2.設(shè)定閾值計(jì)算基因上調(diào)下調(diào)數(shù)量 3.ID轉(zhuǎn)換 4.得出差異基因 5. KEGG pathway analysis 做KEGG數(shù)據(jù)...
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一起學(xué)生信。
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R語(yǔ)言：clusterProfiler進(jìn)行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換
一貌虾、讀取文件吞加，ID轉(zhuǎn)換 1.讀取文件 2.ID轉(zhuǎn)換，ENTREZID是進(jìn)行GO分析最好的ID類(lèi)型（針對(duì)clusterProfiler） ID轉(zhuǎn)換用到的是bitr()函數(shù)尽狠，bi...
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生物信息袄膏；python/R/Shell編程學(xué)習(xí)~<br>生信博士在讀~ wx同號(hào)～
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler 是業(yè)界大神Y叔寫(xiě)的一個(gè)R包践图，可以用來(lái)做各種富集分析，如GO沉馆、KEGG码党、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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本博客純屬胡說(shuō)八道，有疑問(wèn)還請(qǐng)自行翻閱相關(guān)資料
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RNA-seq(9):功能富集分析這部分開(kāi)始進(jìn)行基本的富集分析锌奴，兩類(lèi) A：差異基因富集分析（不需要表達(dá)值兽狭，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有無(wú)差異，需要全部genes...
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GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)富集分析方法 ORA Over-representation analysis過(guò)表達(dá)分析，常見(jiàn)的是GO富集分析和KEGG富集分析箕慧； FCS functional class ...
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再急也要慢慢來(lái)
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使用monocle包進(jìn)行pseudotime分析
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! monocle是一個(gè)專(zhuān)門(mén)用于分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的R包颠焦，提供了聚類(lèi)斩熊，pseudotime, 差異分析等多種功能，該項(xiàng)目的網(wǎng)址如下 https://...
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歡迎關(guān)注微信公眾號(hào)<生信修煉手冊(cè)><br>關(guān)注公眾號(hào)，可以加入微信群圾另，一起交流溝通
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轉(zhuǎn)錄組中的基因表達(dá)模式聚類(lèi)分析
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)對(duì)于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析是非常重要的渣叛，對(duì)于常規(guī)的case/control實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，通過(guò)兩組間的差異檢驗(yàn)就可以得到不同條件下的差異基因盯捌；對(duì)于多組...
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