@小不點打羽毛球 好的隶症，謝謝您许起！
葉綠體基因組基因、外顯子热某、內(nèi)含子腻菇、基因間隔區(qū)提取Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 從注釋好的gb格式（GenBank Flat File）...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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@小不點打羽毛球 曲老師昔馋，您好!問題已經(jīng)自行解決筹吐，根據(jù)您提取CDS的腳本，輸出結(jié)果都是基因名加_加其他信息秘遏，我的解決辦法是在給出的list里丘薛，每個基因名字后面添加_，這樣帶數(shù)字的基因名字變成唯一值了邦危，就沒有檢索2時把20洋侨、21、22這些給檢索到一起的情況了倦蚪。
另外您是否有rps12兩段連接的腳本希坚，我現(xiàn)在用的辦法比較笨，是從注釋基因那一步陵且，把兩段rps12改名裁僧，提取CDS后，建立單基因矩陣慕购，mafft后聊疲，把兩個矩陣拼到一起，改名為rps12用脓钾。因為我數(shù)據(jù)量比較大售睹，大于1000以上桩警，所以手動連接不適用我可训，我從參考基因那一步嘗試把兩段連在一起，但是注釋完別的物種捶枢，還是分開的握截，應該是您PGA程序的某個參數(shù)默認設定。葉綠體基因組基因烂叔、外顯子谨胞、內(nèi)含子、基因間隔區(qū)提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一蒜鸡、用途 從注釋好的gb格式（GenBank Flat File）...
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曲老師：您好胯努！
冒昧打擾您了牢裳，在使用您的PGA注釋軟件、CDS提取以及單基因提取的腳本時叶沛，遇到了一些問題蒲讯，故特此給您發(fā)郵件詢問一下，問題如下描述：
1灰署、使用PGA注釋時判帮，我發(fā)現(xiàn)注釋出來的結(jié)果（使用您提供的參考gb），rps12這個基因有一段100多bp的編碼區(qū)溉箕，遠離另外大致位于反向重復序列上的序列完全相同的rps12編碼區(qū)晦墙。當使用您的腳本提取CDS區(qū)時，去除重復后肴茄，這一長（300bp左右晌畅，末尾是終止密碼子）一短（100多bp，開頭是起始密碼子）編程單獨存在的兩個序列寡痰，無法連成一個完整的基因踩麦。
2、在使用單基因提取的腳本時氓癌，發(fā)現(xiàn)不知什么原因谓谦，有些單基因文件里面有其他基因序列，例如提取rpl2時贪婉，rpl2的單基因文件里含有反粥，rpl2、rpl20疲迂、rpl22才顿、rpl23，但是rpl20尤蒿、rpl22郑气、rpl23這些文件里僅包含各自的基因。
感謝您的解答腰池！祝您工作順利尾组。葉綠體基因組基因、外顯子示弓、內(nèi)含子讳侨、基因間隔區(qū)提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 從注釋好的gb格式（GenBank Flat File）...
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@小不點打羽毛球 好的奏属，謝謝您的解答跨跨。
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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曲老師，您好囱皿，還想請教您一個問題勇婴，咱們PGA注釋出來的結(jié)果忱嘹，軟件能否實現(xiàn)在每個LOCUS的下一行添加DEFINITION的結(jié)果，名字默認同LOCUS的一樣就可以耕渴。因為注釋完德谅，用您公布的提取CDS的腳本，后面還得在用其他python腳本把所有物種gb文件按單基因多物種的格式聚集起來萨螺，方便后面建樹窄做。之前用到金建軍老師寫的腳本，直接從gb文件里按一個基因所有物種聚集為一個fasta慰技，依次提取所有基因椭盏，一步實現(xiàn)之前兩步功能，但是金老師的腳本好像是按definition后面的信息提取的吻商，PGA目前注釋結(jié)果里沒有definition這行的信息掏颊，Geneious和GeSeq都有這行信息，因此咨詢下您艾帐，看PGA也能否也呈現(xiàn)definition這一行結(jié)果乌叶。
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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@小不點打羽毛球 好的，謝謝您
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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我看軟件包里自帶了裸子植物和杯子植物的參考基因組柒爸。并為涉及到苔蘚和蕨類這些類群准浴。
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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曲老師，您好捎稚，用PGA注釋苔蘚植物的葉綠體基因組乐横，是否也可以像您說的那樣，使用軟件包中提供的無油樟作參考注釋苔蘚的一個研究類群今野，再用這兩個類群做參考葡公，來注釋苔蘚的其它類群。
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
