@小不點(diǎn)打羽毛球 好的,謝謝您偷卧!
葉綠體基因組基因、外顯子、內(nèi)含子蛉谜、基因間隔區(qū)提取Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一讼庇、用途 從注釋好的gb格式(GenBank Flat File)...
@小不點(diǎn)打羽毛球 好的,謝謝您偷卧!
葉綠體基因組基因、外顯子、內(nèi)含子蛉谜、基因間隔區(qū)提取Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一讼庇、用途 從注釋好的gb格式(GenBank Flat File)...
@小不點(diǎn)打羽毛球 曲老師,您好!問題已經(jīng)自行解決做祝,根據(jù)您提取CDS的腳本砾省,輸出結(jié)果都是基因名加_加其他信息,我的解決辦法是在給出的list里混槐,每個基因名字后面添加_编兄,這樣帶數(shù)字的基因名字變成唯一值了,就沒有檢索2時把20声登、21狠鸳、22這些給檢索到一起的情況了。
另外您是否有rps12兩段連接的腳本悯嗓,我現(xiàn)在用的辦法比較笨件舵,是從注釋基因那一步,把兩段rps12改名脯厨,提取CDS后铅祸,建立單基因矩陣,mafft后合武,把兩個矩陣拼到一起临梗,改名為rps12用涡扼。因為我數(shù)據(jù)量比較大,大于1000以上夜焦,所以手動連接不適用我壳澳,我從參考基因那一步嘗試把兩段連在一起,但是注釋完別的物種茫经,還是分開的巷波,應(yīng)該是您PGA程序的某個參數(shù)默認(rèn)設(shè)定。
葉綠體基因組基因卸伞、外顯子抹镊、內(nèi)含子、基因間隔區(qū)提取Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一荤傲、用途 從注釋好的gb格式(GenBank Flat File)...
曲老師:您好垮耳!
冒昧打擾您了,在使用您的PGA注釋軟件遂黍、CDS提取以及單基因提取的腳本時终佛,遇到了一些問題,故特此給您發(fā)郵件詢問一下雾家,問題如下描述:
1铃彰、使用PGA注釋時,我發(fā)現(xiàn)注釋出來的結(jié)果(使用您提供的參考gb)芯咧,rps12這個基因有一段100多bp的編碼區(qū)牙捉,遠(yuǎn)離另外大致位于反向重復(fù)序列上的序列完全相同的rps12編碼區(qū)。當(dāng)使用您的腳本提取CDS區(qū)時敬飒,去除重復(fù)后邪铲,這一長(300bp左右,末尾是終止密碼子)一短(100多bp无拗,開頭是起始密碼子)編程單獨(dú)存在的兩個序列带到,無法連成一個完整的基因。
2英染、在使用單基因提取的腳本時阴孟,發(fā)現(xiàn)不知什么原因,有些單基因文件里面有其他基因序列税迷,例如提取rpl2時永丝,rpl2的單基因文件里含有,rpl2箭养、rpl20慕嚷、rpl22、rpl23,但是rpl20喝检、rpl22嗅辣、rpl23這些文件里僅包含各自的基因。
感謝您的解答挠说!祝您工作順利澡谭。
葉綠體基因組基因、外顯子损俭、內(nèi)含子蛙奖、基因間隔區(qū)提取Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 從注釋好的gb格式(GenBank Flat File)...
@小不點(diǎn)打羽毛球 好的杆兵,謝謝您的解答雁仲。
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
曲老師,您好琐脏,還想請教您一個問題攒砖,咱們PGA注釋出來的結(jié)果,軟件能否實現(xiàn)在每個LOCUS的下一行添加DEFINITION的結(jié)果日裙,名字默認(rèn)同LOCUS的一樣就可以吹艇。因為注釋完,用您公布的提取CDS的腳本昂拂,后面還得在用其他python腳本把所有物種gb文件按單基因多物種的格式聚集起來受神,方便后面建樹。之前用到金建軍老師寫的腳本政钟,直接從gb文件里按一個基因所有物種聚集為一個fasta,依次提取所有基因樟结,一步實現(xiàn)之前兩步功能养交,但是金老師的腳本好像是按definition后面的信息提取的,PGA目前注釋結(jié)果里沒有definition這行的信息瓢宦,Geneious和GeSeq都有這行信息碎连,因此咨詢下您,看PGA也能否也呈現(xiàn)definition這一行結(jié)果驮履。
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
@小不點(diǎn)打羽毛球 好的鱼辙,謝謝您
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
我看軟件包里自帶了裸子植物和杯子植物的參考基因組。并為涉及到苔蘚和蕨類這些類群玫镐。
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
曲老師倒戏,您好,用PGA注釋苔蘚植物的葉綠體基因組恐似,是否也可以像您說的那樣杜跷,使用軟件包中提供的無油樟作參考注釋苔蘚的一個研究類群,再用這兩個類群做參考,來注釋苔蘚的其它類群葛闷。
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...