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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF升薯，motifs）-SCENIC相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過SCENIC的使用，這兒提佣，針對(duì)我自己對(duì)SCENIC的學(xué)習(xí)使用，遇到的問題做一個(gè)詳細(xì)的講解說明欲险，希望能對(duì)大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用S...
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單細(xì)胞輔助注釋工具-SingleR很多做單細(xì)胞的研究者都提出過這個(gè)問題镐依，是否有直接的功能能對(duì)單細(xì)胞直接進(jìn)行注釋匹涮，而不是繁瑣的參看文獻(xiàn)天试，搜索marker，人為對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行注釋然低。單細(xì)...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細(xì)胞分析不可避免的會(huì)涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異喜每，因此，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Scanpy-多樣本整合和Seurat一樣雳攘，Scanpy也提供了多樣本空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)的整合https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat-多樣本整合（淺談空間批次）單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞分析類似带兜，不可避免的會(huì)遇到多樣本的問題，這就需要使用多樣本整合分析策略Seurat提供了多張切片（slices）整合分析...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Scanpy將空間位置信息和轉(zhuǎn)錄組分析相結(jié)合吨灭，對(duì)于癌癥刚照、免疫、腫瘤免疫相互作用喧兄，組織微環(huán)境无畔，神經(jīng)和發(fā)育等領(lǐng)域啊楚，有著令人期待的應(yīng)用前景。 單細(xì)胞的一切分析浑彰，加...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat將空間位置信息和轉(zhuǎn)錄組分析相結(jié)合恭理，對(duì)于癌癥、免疫郭变、腫瘤免疫相互作用颜价，組織微環(huán)境，神經(jīng)和發(fā)育等領(lǐng)域诉濒，有著令人期待的應(yīng)用前景周伦。 而作為單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組必...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 樣本整合分析處理單細(xì)胞不可避免的一個(gè)問題就是樣本整合問題。那如何將不同器官未荒，不同測(cè)序平臺(tái)横辆，不同物種之間的單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析呢？Scanpy使用pytho...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 軌跡推斷/擬時(shí)序分析什么是擬時(shí)序分析茄猫？擬時(shí)序（pseudotime）分析狈蚤，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分...