@人生海海_1435 avg_logFC這個(gè)是你使用Seurat產(chǎn)生逗物，seurat包不同版本這個(gè)可能有一些變化鸯两，你可以查看一下
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細(xì)胞分析不可避免的會(huì)涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異御雕，因此愚臀，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很多瓦胎，這兒我們主要講述3種功能分...
相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過SCENIC的使用低淡，這兒，針對(duì)我自己對(duì)SCENIC的學(xué)習(xí)使用瞬项，遇到的問題做一個(gè)詳細(xì)的講解說明蔗蹋，希望能對(duì)大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助。 SC...
@初然如墨 檢查一下參數(shù)妥衣，應(yīng)該還是參數(shù)出了問題
單細(xì)胞輔助注釋工具-SingleR很多做單細(xì)胞的研究者都提出過這個(gè)問題皂吮，是否有直接的功能能對(duì)單細(xì)胞直接進(jìn)行注釋，而不是繁瑣的參看文獻(xiàn)税手，搜索marker蜂筹，人為對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行注釋。單細(xì)胞真的可以實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化注釋嗎芦倒？我...
很多做單細(xì)胞的研究者都提出過這個(gè)問題，是否有直接的功能能對(duì)單細(xì)胞直接進(jìn)行注釋周霉，而不是繁瑣的參看文獻(xiàn)掂器，搜索marker，人為對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行注釋俱箱。單細(xì)胞真的可以實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化注釋嗎国瓮？我...
單細(xì)胞分析不可避免的會(huì)涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很多乃摹，這兒我們主要講述3種功能分...
和Seurat一樣禁漓，Scanpy也提供了多樣本空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)的整合https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial...
單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞分析類似，不可避免的會(huì)遇到多樣本的問題孵睬，這就需要使用多樣本整合分析策略Seurat提供了多張切片（slices）整合分析(Merge合并) 單細(xì)胞空間...
@elaine0622 這個(gè)是可以兼容的播歼，seurat支持loom格式，loom格式可以在scanpy讀取掰读，簡(jiǎn)書上有很多講了這個(gè)轉(zhuǎn)換
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 軌跡推斷/擬時(shí)序分析什么是擬時(shí)序分析秘狞？擬時(shí)序（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析蹈集，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程烁试。我...
將空間位置信息和轉(zhuǎn)錄組分析相結(jié)合，對(duì)于癌癥拢肆、免疫减响、腫瘤免疫相互作用，組織微環(huán)境郭怪，神經(jīng)和發(fā)育等領(lǐng)域辩蛋，有著令人期待的應(yīng)用前景。 單細(xì)胞的一切分析移盆，加前綴Spatial 都是一個(gè)新...
將空間位置信息和轉(zhuǎn)錄組分析相結(jié)合悼院，對(duì)于癌癥、免疫咒循、腫瘤免疫相互作用据途，組織微環(huán)境，神經(jīng)和發(fā)育等領(lǐng)域叙甸，有著令人期待的應(yīng)用前景颖医。 而作為單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組必備R包Seurat,與時(shí)俱進(jìn)，...
處理單細(xì)胞不可避免的一個(gè)問題就是樣本整合問題。那如何將不同器官僚祷，不同測(cè)序平臺(tái)佛致，不同物種之間的單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析呢？Scanpy使用python語言構(gòu)建了一套完整的單細(xì)胞分...
什么是擬時(shí)序分析辙谜？擬時(shí)序（pseudotime）分析俺榆，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程装哆。我...
Scanpy 是一個(gè)基于 Python 分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的軟件包罐脊，內(nèi)容包括預(yù)處理定嗓，可視化，聚類萍桌，擬時(shí)序分析和差異表達(dá)分析等宵溅。https://genomebiology.biom...
追熱點(diǎn)，好嗎上炎？當(dāng)然好恃逻，只要有足夠的基金，熱點(diǎn)還是比較容易發(fā)大文章的反症，但是需要注意辛块，測(cè)序前還是應(yīng)該有合理畔派，目的明確的課題設(shè)計(jì)ＧΠ（目前空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序就一個(gè)字貴!貴!貴!） Nat...
