發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山西
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The calculation of modulescore in Seurat
The Module Score calculation is designed to refine the mean expression o...
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several facts of SCENIC
1. GENIE3對(duì)于輸入的expression matrix，既可以是UMI counts豫领，也可以是library-size normaliz...
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The process of SCENICLast week we learned Transcription factor motif finding, also, recently ...
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fastMNN and harmonyIn analyzing scRNA-seq data, batch effects are an influential source of ...
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“bracketed paste” mode in shell
在shell中纪隙，我們粘貼多行代碼的時(shí)候，shell大概率會(huì)把“換行”識(shí)別為“回車”并逐行運(yùn)行碗硬，這會(huì)導(dǎo)致你沒(méi)法粘貼多行的代碼瓤湘。這是因?yàn)閟hell很...
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NOTEs
取得某個(gè)GO term的基因列表 Velocyto畫圖show.velocity.on.embedding.cor報(bào)錯(cuò)：OpenBLAS War...
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錯(cuò)誤解決：Error: Failed to install 'SeuratWrappers' from local: Failed to connect to api.github.com ...
通過(guò)remotes::install_github函數(shù)安裝github上的包時(shí)報(bào)錯(cuò)： 我嘗試很久沒(méi)法解決，選擇手動(dòng)下載zip包后上傳至服務(wù)器肛响，然...
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細(xì)胞數(shù)量較大的單細(xì)胞數(shù)據(jù)的ssgsea：分cluster并小份算
近來(lái)處理了一個(gè)22w個(gè)細(xì)胞的單細(xì)胞數(shù)據(jù)岭粤，數(shù)據(jù)過(guò)多，做GSVA直接卡住好幾天特笋，本來(lái)嘗試每200個(gè)細(xì)胞這樣計(jì)算然后拼接起來(lái)剃浇，函數(shù)也寫好了，跑完后突然...
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GSA猎物、GSEA虎囚、ssGSEA、GSVA的算法原理及它們的聯(lián)系與區(qū)別一蔫磨、 簡(jiǎn)述 ? ? 為了從基因的表達(dá)水平中得到更加具體直觀的生物學(xué)功能變化的信息淘讥，多種基于已知的基因集的分析方法應(yīng)運(yùn)而生。其中堤如，基因集分析（Ge...