The Module Score calculation is designed to refine the mean expression of a gene signat...
發(fā)簡信
IP屬地：廣西
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The calculation of modulescore in Seurat
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several facts of SCENIC
1. GENIE3對于輸入的expression matrix，既可以是UMI counts曹宴，也可以是library-size normalized counts城榛，兩者的結果...
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The process of SCENICLast week we learned Transcription factor motif finding, also, recently I was using SCE...
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fastMNN and harmonyIn analyzing scRNA-seq data, batch effects are an influential source of variability. Th...
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TRUST4免疫組庫分析
作者：Resther審稿：童蒙編輯：angelica 1.背景介紹 人體淋巴細胞主要包括T細胞揪利、B細胞。B細胞約占外周淋巴細胞總數(shù)的20%狠持，其主要功能是產生抗體介導體液免疫應...
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“bracketed paste” mode in shell
在shell中疟位，我們粘貼多行代碼的時候，shell大概率會把“換行”識別為“回車”并逐行運行喘垂，這會導致你沒法粘貼多行的代碼甜刻。這是因為shell很難知道你的輸入是不是“粘貼”绍撞。...
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FindAllMarkers, FindMarkers 以及 FindConservedMarkers 的區(qū)別
在seurat中，如果運行了RunUMAP或者RunTSNE后自動分群后得院，F(xiàn)indAllMarkers和FindMarkers基本就是一樣的傻铣；如果沒有進行RunUMAP或者R...
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2023-04-20 細胞器的marker需要對細胞器進行分離，查了一些資料祥绞，比較好看非洲，貼上來。 1. Thermo 海報：細胞器標記物抗體和細胞染色劑[https://assets.thermofisher.cn/...
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如何獲取kegg通路的基因列表
如何獲取kegg通路的基因列表蜕径？相信很多人都有這個疑惑两踏。 哪些時候需要知道通路的基因列表？舉兩個例子： 在找差異基因這一步兜喻，只想針對特定通路的基因去找梦染。可以在找完差異基因后朴皆，...
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錯誤解決：Error: Failed to install 'SeuratWrappers' from local: Failed to connect to api.github.com ...
通過remotes::install_github函數(shù)安裝github上的包時報錯： 我嘗試很久沒法解決帕识，選擇手動下載zip包后上傳至服務器，然后local安裝遂铡，仍然報錯： ...
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RNA velocity of single cells文獻學習在之前的一個視頻學習系列筆記里肮疗，有一篇筆記提到了RNA velocity（Single cell RNA-seq data analysis with R視頻學習筆記（八））...
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趕緊搶發(fā)雙硫死亡生信SCI，一秒都不能遲
如果你2022年錯過了銅死亡生信忧便，不要灰心族吻，2023年一樣會給你帶來新熱點，這個熱點就是雙硫死亡（Disulfidptosis）珠增，Disulfidptosis是2023年新發(fā)...
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單細胞空間數(shù)據(jù)分析之CNV進化樹作者，Evil Genius 時光荏苒砍艾，2022年也即將結束蒂教，這一年，單細胞空間多組學技術進一步帶領我們走入生物組織的微觀世界脆荷。單細胞多組學的技術發(fā)展讓研究人員可以從單個細胞...
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單細胞注釋-marker參考
A Guide to T Cell Markers[https://www.biocompare.com/Editorial-Articles/569888-A-Guide-...
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快速實現(xiàn)人和小鼠之間的同源基因轉換
我們知道小鼠是一個研究很多的模式生物凝垛，有很多生物學研究，以及一些臨床研究都是在小鼠上做的蜓谋。那么小鼠里面研究的這個基因在人里面有沒有梦皮，對應的具體又是一個什么基因，這是我們經(jīng)常需...
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數(shù)據(jù)不正態(tài)分布如何辦
在實際研究中桃焕，很多時候都需要數(shù)據(jù)滿足正態(tài)分布才可以剑肯。比如說回歸分析，其實做回歸分析有一個前提條件即因變量需要滿足正態(tài)分布性观堂。也比如說方差分析让网，其有一個潛在的前提假定即因變量Y...
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那令人困惑的比對工具選擇啊~
寫在前面的廢話 我可能不適合做科研呀忧，因為我總是對一些“沒有必要”的事斤斤計較~ 剛開始接觸二代測序時，是跟著Jimmy大神從RNA-seq開始入門的溃睹。那時候使用的比對工具是H...
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使用fastp進行數(shù)據(jù)質控
fastp是一款較新的數(shù)據(jù)質控軟件而账，接觸這個軟件也是由于目前市場的軟件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接觸到一個RNAseq數(shù)據(jù)因篇，質量較差泞辐，需要去除接頭而且含N較多，序列...