1 Bedtools:一個強(qiáng)大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學(xué)昆蘭實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的基因組算法工具集陆蟆,它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀贞言。Bedtools可以對基因...
本節(jié)繼續(xù)介紹通過ggplot2來繪制環(huán)狀條形圖蛛淋,重點(diǎn)使用annotate函數(shù)對數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋 自定義顏色 構(gòu)建數(shù)據(jù) 計算角度 構(gòu)建分組線段 數(shù)據(jù)可視化
經(jīng)常會遇到對文件的排序句狼,這里記錄一下如何先按照染色體號排序呐粘,然后按照坐標(biāo)位置排序 這里,先按照第一列進(jìn)行排序蚂会,然后第二列按照數(shù)字大小從小到大排序淋样,其中1,1的意思是從第一列到...
寫在前面 熱圖胁住,或稱熱力圖趁猴,是外文 Heatmap 的直譯刊咳。在幾乎所有數(shù)值分析相關(guān)工作中都可以看到。生物信息學(xué)數(shù)據(jù)儡司,自然躲不過娱挨。無論是形態(tài)數(shù)據(jù),還是基因拷貝數(shù)數(shù)據(jù)捕犬,或是基因表...
前言 我們知道跷坝,細(xì)胞間信息傳遞方式一個是細(xì)胞表面配受體的相互作用,另一個通過細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子碉碉,即細(xì)胞因子柴钻。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游,有時候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...
本期介紹一個控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧垢粮。 使用的是R語言的pheatmap包贴届,先生成隨機(jī)數(shù)據(jù): data1如下: 查看數(shù)據(jù)范圍: 使用上面的矩陣做熱圖,要求低值...
太感謝了粱腻,解決了我的問題庇配!
Cytoscape如何下載通常由于網(wǎng)絡(luò)原因出現(xiàn)Cytoscape網(wǎng)站不能打開或者點(diǎn)擊下載無反應(yīng)的情況斩跌,著實(shí)讓人煩躁。于是在打開網(wǎng)頁源代碼發(fā)現(xiàn)新大陸捞慌,點(diǎn)擊進(jìn)入https://cytoscape-bu...
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"吳老大在Coursera上的Deeplearning課程,現(xiàn)在都采取免費(fèi)試聽一周嗅虏,之后按照307刀/周收費(fèi)洛姑,網(wǎng)站上怎么找不到免費(fèi)旁聽的渠道了?" 前言 Coursera(類...
數(shù)據(jù)篩選是在分析中最常用的步驟龄广,如數(shù)據(jù)挖掘分析中硫眯,從TCGA或GEO得到的表達(dá)矩陣要不斷篩選,來進(jìn)行數(shù)據(jù)整理择同。match函數(shù)是生信技能樹生信爆款入門課程[https://mp...
###################################### 題目:單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat 語言:R Author: YQ#########...
樓主,GPL5175這個平臺最后提取得到的gene對應(yīng)文件可以給一份嗎痊夭?
芯片探針序列基因注釋—跟著Jimmy學(xué)生信筆記內(nèi)容不是教程刁岸,均為個人學(xué)習(xí)筆記,以備后日查詢學(xué)習(xí)資源均來自生信技能樹論壇她我,生信技能樹B站視頻虹曙,微信公眾號:生信技能樹 為啥是我最不想用的方法? 常用平臺可通過biocondu...
樣本提取是實(shí)驗(yàn)關(guān)鍵一環(huán)酝碳,沒有好的樣本,一切數(shù)據(jù)就猶如沒有地基的大廈恨狈,蓋得越高疏哗,傾覆的概率就會越大!所以開展好一個實(shí)驗(yàn)禾怠,首先要從評價核酸質(zhì)量是否達(dá)標(biāo)開始返奉,RIN值是樣本檢測中比...
qsub系統(tǒng)適用于服務(wù)器集群的任務(wù)提交參考地址 qsub提交系統(tǒng)使用說明 運(yùn)行命令 qsub run.s PBS的walltime于qsub -a 的時間格式是不一樣的 #P...