1 Bedtools:一個(gè)強(qiáng)大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學(xué)昆蘭實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的基因組算法工具集护戳,它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀潜的。Bedtools可以對(duì)基因...
本節(jié)繼續(xù)介紹通過ggplot2來繪制環(huán)狀條形圖嘉栓,重點(diǎn)使用annotate函數(shù)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋 自定義顏色 構(gòu)建數(shù)據(jù) 計(jì)算角度 構(gòu)建分組線段 數(shù)據(jù)可視化
經(jīng)常會(huì)遇到對(duì)文件的排序碍讨,這里記錄一下如何先按照染色體號(hào)排序甲脏,然后按照坐標(biāo)位置排序 這里眶熬,先按照第一列進(jìn)行排序,然后第二列按照數(shù)字大小從小到大排序块请,其中1,1的意思是從第一列到...
寫在前面 熱圖,或稱熱力圖墩新,是外文 Heatmap 的直譯贸弥。在幾乎所有數(shù)值分析相關(guān)工作中都可以看到。生物信息學(xué)數(shù)據(jù)海渊,自然躲不過绵疲。無論是形態(tài)數(shù)據(jù)哲鸳,還是基因拷貝數(shù)數(shù)據(jù),或是基因表...
前言 我們知道盔憨,細(xì)胞間信息傳遞方式一個(gè)是細(xì)胞表面配受體的相互作用徙菠,另一個(gè)通過細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子,即細(xì)胞因子郁岩。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游婿奔,有時(shí)候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...
本期介紹一個(gè)控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧。 使用的是R語言的pheatmap包驯用,先生成隨機(jī)數(shù)據(jù): data1如下: 查看數(shù)據(jù)范圍: 使用上面的矩陣做熱圖脸秽,要求低值...
太感謝了蝴乔,解決了我的問題记餐!
Cytoscape如何下載通常由于網(wǎng)絡(luò)原因出現(xiàn)Cytoscape網(wǎng)站不能打開或者點(diǎn)擊下載無反應(yīng)的情況,著實(shí)讓人煩躁薇正。于是在打開網(wǎng)頁源代碼發(fā)現(xiàn)新大陸片酝,點(diǎn)擊進(jìn)入https://cytoscape-bu...
通常由于網(wǎng)絡(luò)原因出現(xiàn)Cytoscape網(wǎng)站不能打開或者點(diǎn)擊下載無反應(yīng)的情況,著實(shí)讓人煩躁挖腰。于是在打開網(wǎng)頁源代碼發(fā)現(xiàn)新大陸雕沿,點(diǎn)擊進(jìn)入https://cytoscape-bu...
"吳老大在Coursera上的Deeplearning課程猴仑,現(xiàn)在都采取免費(fèi)試聽一周审轮,之后按照307刀/周收費(fèi),網(wǎng)站上怎么找不到免費(fèi)旁聽的渠道了辽俗?" 前言 Coursera(類...
數(shù)據(jù)篩選是在分析中最常用的步驟榴捡,如數(shù)據(jù)挖掘分析中,從TCGA或GEO得到的表達(dá)矩陣要不斷篩選朱浴,來進(jìn)行數(shù)據(jù)整理吊圾。match函數(shù)是生信技能樹生信爆款入門課程[https://mp...
###################################### 題目:?jiǎn)渭?xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat 語言:R Author: YQ#########...
樓主板丽,GPL5175這個(gè)平臺(tái)最后提取得到的gene對(duì)應(yīng)文件可以給一份嗎?
芯片探針序列基因注釋—跟著Jimmy學(xué)生信筆記內(nèi)容不是教程,均為個(gè)人學(xué)習(xí)筆記埃碱,以備后日查詢學(xué)習(xí)資源均來自生信技能樹論壇猖辫,生信技能樹B站視頻,微信公眾號(hào):生信技能樹 為啥是我最不想用的方法砚殿? 常用平臺(tái)可通過biocondu...
樣本提取是實(shí)驗(yàn)關(guān)鍵一環(huán),沒有好的樣本似炎,一切數(shù)據(jù)就猶如沒有地基的大廈辛萍,蓋得越高,傾覆的概率就會(huì)越大羡藐!所以開展好一個(gè)實(shí)驗(yàn)贩毕,首先要從評(píng)價(jià)核酸質(zhì)量是否達(dá)標(biāo)開始,RIN值是樣本檢測(cè)中比...
qsub系統(tǒng)適用于服務(wù)器集群的任務(wù)提交參考地址 qsub提交系統(tǒng)使用說明 運(yùn)行命令 qsub run.s PBS的walltime于qsub -a 的時(shí)間格式是不一樣的 #P...