Snippy****基因組分析軟件環(huán)境搭建及使用 官方文檔：https://github.com/tseemann/snippy[https://github.com/tse...
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Linux Snippy基因組分析軟件環(huán)境搭建及使用 -
記一次數(shù)據(jù)分析--基因的聚類分析溯源--進化樹構(gòu)建接著上一個視屏講，很多人說代碼的輸出結(jié)果看不懂，今天詳細聊一下 今天選擇了11個沙門菌進行聚類分析，最終構(gòu)建進化樹 聚類(Cluster)分析顧名思義就是指將研究的對象進行分...
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系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建與優(yōu)化：從序列選擇到進化樹美化一些己、系統(tǒng)發(fā)育樹的基本情況 系統(tǒng)發(fā)生樹（Phylogenetic tree），一般也叫系統(tǒng)進化樹或簡稱進化樹，可基于分子進化的假設(shè)枝恋，基于特定的算法，構(gòu)建展示一定的樹狀分支圖形來...
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零基礎(chǔ)學(xué)生信-生物信息常見的數(shù)據(jù)格式學(xué)習(xí)生物信息嗡害，走近生物信息學(xué)~ 生物信息學(xué)是一門跨學(xué)科研究領(lǐng)域焚碌，將計算機科學(xué)、統(tǒng)計學(xué)和數(shù)學(xué)結(jié)合霸妹，通過計算技術(shù)和算法分析生物數(shù)據(jù)十电，研究生物系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)、功能，預(yù)測生物過程鹃骂，探索新...
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我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚類分析流程
個人進行SNP分析用的軟件是snippy[https://github.com/tseemann/snippy]台盯，主要是可以一次批量完成。準備工作：1.待分析的序列文件（fa...
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打包conda生信分析環(huán)境以及一款好用的終端軟件感覺conda很好用畏线，就是我自己經(jīng)常遇到服務(wù)器連不上外網(wǎng)裝不上軟件的情況静盅，這時候用conda將軟件裝在自己電腦上，打包再傳到服務(wù)器上去用就成為我的一個小方法寝殴。首先先安裝con...
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寫了個小腳本autosnippy:自動cgSNP分析
最近寫了一個snakemake流程蒿叠，方便自己跑SNP分析。目前還是需要手動編輯一個文件表蚣常，剩下就是直接等著收樹文件了栈虚。 安裝 首先克隆git clone https://gi...
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在寫了（行數(shù)1魂务，字數(shù)0）。
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生信坑底躺著不動的男人<br>簡書不常在，有問題可私信
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快速序列比對之BLAST
BLAST的大名對于做生物的同學(xué)可以說是如雷貫耳熔酷，哪怕非生信的同學(xué)也或多或少接觸過這個東西孤紧。我們通常會使用ncbi的blast在線工具進行比對，但具有一個缺點就是很慢拒秘，因此我...
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