前言 我們知道痊焊，細(xì)胞間信息傳遞方式一個(gè)是細(xì)胞表面配受體的相互作用汗侵，另一個(gè)通過(guò)細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子，即細(xì)胞因子悔详。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時(shí)候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...
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CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器 -
單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開(kāi)的人工校正的惹挟，儲(chǔ)存受體茄螃、配體以及兩種相互作用...
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Scanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnDataAnnData是python中存儲(chǔ)單細(xì)胞數(shù)據(jù)的一種格式 1. AnnData數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)： 主要包含四個(gè)slots：X contains the expression matri...
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Seurat4.0系列教程4：整合分析scRNA-seq整合簡(jiǎn)介 對(duì)兩個(gè)或兩個(gè)以上單細(xì)胞數(shù)據(jù)集的整合分析提出了獨(dú)特的挑戰(zhàn)。特別是连锯，在標(biāo)準(zhǔn)工作流下归苍，識(shí)別存在于多個(gè)數(shù)據(jù)集中的基因可能存在問(wèn)題用狱。Seurat v4 包括...
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單細(xì)胞測(cè)序CNS文章圖表復(fù)現(xiàn)
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scRNAseq：h5文件轉(zhuǎn)化為matrix表達(dá)矩陣前言 ??今天想跟大家分享一下單細(xì)胞分析中的一個(gè)需求肴敛，就是如何將h5的表達(dá)量文件轉(zhuǎn)化為常見(jiàn)的表達(dá)矩陣署海。大部分情況下，我們是不需要用到這個(gè)需求医男，因?yàn)橥ǔＮ覀円?jiàn)到的表達(dá)量文件是下...
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數(shù)據(jù)收費(fèi)再分析~
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淺淺的學(xué)習(xí)歷程<br>生信新手，打工人报账，搬運(yùn)工研底。<br>像王子文一樣財(cái)務(wù)自由，才可實(shí)現(xiàn)生育自由<br>像李子柒一樣把一件事情做到極致透罢，才可實(shí)現(xiàn)職業(yè)自由
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理性看世界羽圃。乾胶。。
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UMI-tools首先來(lái)看一下這款軟件的功能概況： StepInputsOutputFind Cell barcode whitelistRead 1 fastqwhitelist.txtEx...
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fastq格式文件及phred33的判斷Fastq格式文件儲(chǔ)存了生物序列的信息及其質(zhì)量信息。以電腦中的一個(gè)文件的為例 1 格式說(shuō)明 第一行：必須@開(kāi)頭脑融，緊跟唯一的序列的ID標(biāo)識(shí)符喻频，后面可跟其他描述性內(nèi)容，但序列ID...
