WGCNA圖文詳解(七)-eigengene network的可視化 還是老習(xí)慣鸵闪，給出官網(wǎng)教程申鱼，至于你是看還是不看挂洛，它就在那里，等著你的深入研究～ https://horva...
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小鬼的WGCNA圖文詳解(七)-eigengene network的可視化 -
WGCNA（2a）：一步法完成網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測(cè)在上一篇帖子上完成了表達(dá)量數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)的整理某筐，這篇文章將進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測(cè)究孕。 WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡書 (jianshu.com)[https...
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WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗WGCNA：加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析啥酱，簡而言之，就是將基因劃分為若干個(gè)模塊厨诸，探究與表型數(shù)據(jù)與基因模塊之間的相關(guān)關(guān)系镶殷，并找到模塊中的核心基因。 適用于復(fù)雜的數(shù)據(jù)模式微酬，推薦5組(或...
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WGCNA（2b）：分步法完成網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測(cè)
在前兩篇帖子中介紹了數(shù)據(jù)的導(dǎo)入清洗绘趋，以及一步法構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)，這篇文章將介紹網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的第二種方法得封，分步法埋心。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡書 (jianshu.co...
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作者你好呀项秉，想請(qǐng)問一下為什么要去掉Q矩陣的最后一列呢？
重測(cè)序分析（16）GWAS分析實(shí)操（2）gwas_emmax_Q
使用Q矩陣作為協(xié)變量使用emmax進(jìn)行GWAS分析 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 1.上個(gè)推文中vcf轉(zhuǎn)的tped文件snp_filter.mapsnp_filter.nosexsnp_filt...
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實(shí)操|(zhì)rrBLUP包RRBLUP數(shù)據(jù)處理 VCF轉(zhuǎn)為 rrBLUP {-1,0,1} 格式 rrBLUP可識(shí)別的基因型格式為 {-1,0,1} （行頭為marker，列為sample）底哗，因此需要對(duì)基本數(shù)據(jù)...
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想請(qǐng)教一下怎么進(jìn)行k折交叉驗(yàn)證呢
【GS模型】全基因組選擇之rrBLUP
[toc] 1. 理論 rrBLUP是基因組選擇最常用的模型之一岁诉，也是間接法模型的代表“涎。回顧一下涕癣，所謂間接法是指：在參考群中估計(jì)標(biāo)記效應(yīng)，再結(jié)合預(yù)測(cè)群的基因型信息將標(biāo)記效應(yīng)累...
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率GATK的HaplotypeCaller 應(yīng)該是目前最常用的變異檢測(cè)軟件前标，尤其是在人類基因組上坠韩。不過HaplotypeCaller的速度相對(duì)于其他軟件，例如bcftools,...
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3. SNP Calling以GATK流程為例炼列，簡單來說只搁，SNP Calling主要包括以下幾步： 1. 給參考基因組建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同俭尖，更加趨于流程化氢惋。 軟件安裝 點(diǎn)擊此處 查看最新版本 GATK 簡單說明 GATK分析簡要流程 所需數(shù)據(jù) ref.fa rea...
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群體遺傳學(xué)一-SNP calling
使用BWA+samtools+gatk4.0進(jìn)行SNP calling 首先下載數(shù)據(jù)eg： 01.align 首先定義相關(guān)用到的變量，然后使用baw創(chuàng)建索引之后進(jìn)行map。 ...
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GATK4變異檢測(cè)（bwa+samtools+Picard+GATK）一.軟件下載安裝 ??bwa：https://github.com/lh3/bwa[https://github.com/lh3/bwa]安裝及命令詳解參考：http://st...
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Linux常用命令詳解 | md5sum 文件一致性校驗(yàn)
一明肮、簡介 md5sum計(jì)算檢驗(yàn)MD5效驗(yàn)碼震束。MD5算法常常被用來驗(yàn)證網(wǎng)絡(luò)文件傳輸?shù)耐暾郧凵叮乐刮募蝗舜鄹南陨琛D5全稱是報(bào)文摘要算法（Message-Digest Algor...
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用ANNOVAR自建數(shù)據(jù)庫注釋基因組
annovar簡介 在我們做重測(cè)序钩乍，或者比較基因組學(xué)分析的時(shí)候螟碎，我們往往在call snp或者indel的時(shí)候祠乃，需要對(duì)我們的變異位點(diǎn)進(jìn)行注釋币叹，而annovar官網(wǎng)提供的注釋庫...
