公眾號(hào) 生信小課堂
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：黑龍江
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中科院研究生在讀懦砂，努力學(xué)習(xí)中
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GSEA筆記GSEA縮寫 GSEA的全稱是Gene Set Enrichment Analysis，中文翻譯就是基因集富集分析组橄，最早提出GSEA的文章是下面的這篇文獻(xiàn)： 基因集富集分析是...
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比對(duì)算法總結(jié)(一)——基于哈希表結(jié)構(gòu)的比對(duì)算法以前對(duì)比對(duì)算法不太了解荞膘，比對(duì)算法總結(jié) 這個(gè)系列會(huì)分幾篇文章對(duì)比對(duì)算法進(jìn)行介紹，本篇主要介紹最原始的基于哈希表結(jié)構(gòu)的比對(duì)算法玉工。 1 比對(duì)算法簡(jiǎn)介 目前短序列比對(duì)軟件通常采用多重...
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生物信息從業(yè)者仪搔，關(guān)注AI制藥嫩码、癌癥、微生物領(lǐng)域
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替換記分矩陣要比較氨基酸或核酸的相似性狭郑，則需要借助替換記分矩陣腹暖。 替換記分矩陣一般分為1）DNA 替換記分矩陣；2）蛋白質(zhì)替換記分矩陣翰萨。 DNA 替換記分矩陣 等價(jià)矩陣 unitary ...
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5.序列比對(duì)（貫穿所有的生物信息學(xué)）2019.10.22 勤奮脏答，在思考和文獻(xiàn)中游走。 1. 序列比對(duì)缨历、DNA序列比對(duì)以蕴、蛋白質(zhì)序列比對(duì)糙麦、BLAST比對(duì)搜索辛孵、理解BLAST輸出結(jié)果。 2. 和人最近的是黑猩猩赡磅。楊樹...
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專注生物信息技術(shù)，NGS冶匹，十二年基因組分析經(jīng)驗(yàn)總結(jié)习劫，更過(guò)精彩內(nèi)容<br>歡迎關(guān)注“基因組分析”微信公眾號(hào)
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BWT算法
1、BWT (Burrows–Wheeler_transform)算法介紹 bwa是目前最流行的二代測(cè)序比對(duì)工具嚼隘，其中就用到了BWT算法诽里。BWT（Burrows-Wheele...
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談?wù)剬?duì)BWT算法的理解最近對(duì)分析流程里用的bwa和mutect2的原理感興趣，打算稍微了解下飞蛹。說(shuō)起來(lái)本科時(shí)候也學(xué)過(guò)一些經(jīng)典算法谤狡，印象最深刻的就是NW全局比對(duì)和SW局部比對(duì)了。當(dāng)時(shí)老師是正好抽到我的...
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find me on that green bird<br>也可以發(fā)郵件 louiesxscape(AT)gmail.com
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Dragon star Day 2 Pt.1 關(guān)于序列比對(duì)、計(jì)分方法霉囚、BLAST原理及判斷值捕仔、BWT原理Dragon star Day 2 20190730 關(guān)于序列比對(duì)、計(jì)分方法盈罐、BLAST原理及判斷值榜跌、BWT原理 補(bǔ)丁筆記之終于上手畫了-為什么這么難？-因?yàn)槟闶侵改厢樠?盅粪。...
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關(guān)于GATK分析RNA-seq數(shù)據(jù)的一點(diǎn)建議——原創(chuàng)：雷萬(wàn)鈞 問題起因： 首先斜做，我在做RNA-seq數(shù)據(jù)分析Mutaion的時(shí)候發(fā)現(xiàn)一個(gè)問題： 在查看某個(gè)樣本的突變信息發(fā)現(xiàn)，沒有被檢出湾揽，但是查看bam 卻發(fā)現(xiàn)有很好的r...
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單線程生物
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SAM/BAM文件HEADER/FLAG/CIGARSAM文件HEADER: SAM Format Header[https://www.samformat.info/sam-format-header] SAM文件每一列的信...
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高通量測(cè)序的數(shù)據(jù)處理與分析指北(二)--宏基因組篇博客原文[https://lantary.cn/bioinformatics/NGS(2)-metagenome.html] 宏基因組篇 前言 之前的一篇文章[https:/...
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基因組測(cè)序數(shù)據(jù)的處理和分析流程
第一步库物，測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量檢查霸旗。測(cè)序的原始數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)文件為fastq格式，是原始圖像數(shù)據(jù)文件堿基識(shí)別轉(zhuǎn)化得來(lái)戚揭，通常稱為 raw reads诱告。fastq 文件包含四行： 第一行是序...
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系統(tǒng)發(fā)育精居、比較基因組、維管植物分類潜必。<br>關(guān)注生物多樣性靴姿、野生動(dòng)植物保護(hù)與利用。
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NCBI中與基因組相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)
NCBI全稱National Center for Biotechnology Information（國(guó)家生物技術(shù)信息中心）磁滚，是美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館（National Lib...
